吴奇隆和金城武在警界各司其职，一个是飞虎队队员，另一个是交通警察。因一次银行抢劫案中，两人阴差阳错成为拍档，更成为香港打击罪犯的新希望，因而触怒了犯罪集团，视他们二人为眼中钉。此时警方突然接获密令要二人保护中共高干之女儿白美红（杨采妮），于是两人乔装进入学校，作贴身保护。犯罪集团三番四次出手，皆不能得逞，于是使出杀手锏将红掳走，不料原来红亦是冒牌货。而犯罪集团就在这两名“猛警”与红的误打误撞下被瓦解。

周星星是飞虎队队长，奉命以卧底的身份到圣育强中学寻找警司于参观时被窃的配枪。周星星就算百般无奈还是接受了任务。他很快适应了学校的生活，功夫高强的他也受到了学校众多学生的拥戴，周星星也顺势调查失枪案件。警队的另一位卧底曹达华也参与了这个案件，最后也与同学一起合力，帮助周星星破获一踪大型军火贩卖案件。

育才书院F.4D是全校最顽劣的一班，不仅考试成绩不及格，还常常整蛊老师，不计其数的老师都被这群调皮捣蛋的学生给气走了。其中最为古灵精怪的要数小头目张一健（张卫健饰），他在校内横行无忌，甚至连秦主任（吴孟达饰）也不敢招惹他。而班级中的林志颖（林志颖饰）、阿隆（吴奇隆饰）和黎文诗（朱茵饰）也丝毫没把心思花在学习上。 　　然而新来的张老师（张敏饰）却与众不同，她不仅美丽干练，还能躲过学生们的种种恶作剧。鬼灵精张一健当然不能放过这位女老师，使出各种怪招让她下不了台。突然有一天，张一健请了病假，张老师到他家访问才得知张一健根本没有生病，而是因欠了赌债去打工还债。与此同时，校内又发生了各种令人头疼的事端。

圣马丁中学发生离奇命案，军政部部长之子何满君离奇死亡，警员陈虎接到任务，校内秘查真相。看似平静的校园暗潮涌动，师生分帮流派却能共同抵御外敌，疑似女友被扒曾报警何满君有强奸之罪……身手矫捷的蒙面人、纷争不断的江湖大佬、温婉动人的女教师与楚楚可怜的漂亮学生，他们之间与命案又有什么千丝万缕的关系？随着陈虎的抽丝剥茧，隐藏的秘密终被揭开，但案情却更加扑朔迷离，人命原来只是冰山一角，真相竟另有所指。