该影片为1962年同名日本电影的美国重剪发行版。联合国记者埃里克-卡特报道了一艘潜艇与冰山相撞并释放了哥斯拉。这条消息很快导致一家制药公司的董事长多胡先生寻找自己的怪物来进行宣传。他向法鲁岛派出了一支探险队，在那里他们发现了岛上的神--金刚。这只巨猿被抓获并被送回日本，它逃出后直接向哥斯拉撞来。这两个对手很快就在一场巨大的高潮战中发生了冲突。

哥斯拉突然从北极的冰中出现！哥斯拉击沉核潜艇海洋号，更破坏北极的军事基地后开始南下。同样的时候，在太平洋制药宣传部，那公司为提高节目的收看率打算使用发俄岛上的魔神，樱井和古江的两名宣传人员便去了发俄岛。他们发现岛上出现的魔神就是金刚。于是把他弄晕带到日本，不久在运送金刚的船遭日本政府拦截，但那时金刚突然从麻醉中苏醒，在运输船上跑出来，游向日本，而且更在那须高原初次与哥斯拉对决。第1回合以哥斯拉的放射火焰取得胜利，金刚被打败吗？

影片中两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与…

自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉混战结束后，帝王组织已经在骷髅岛建立了观察区，大部分资料也向公众开放；此时的金刚也已经长大。一家高科技公司APEX利用资料，尝试一项大胆的任务，意图消灭哥斯拉，但这一任务风险和危机共存。然而，哥斯拉感应到了APEX的机械巨兽，开始向人类发动攻击；APEX见状决定利用金刚探寻地心世界以获得更多能源。一心只想回到真正的家园的金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系；但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开 。

尚氏集团苟老板听闻神农山住着一种神秘生物，人们称之为野人，据说野人寿命平均能达到120岁以上，为了破解长寿密码，在商业上再创佳绩，他决定找最适合做这件事的人，子承父业的生物学家白雪。不多时，白雪父亲白玉侠被苟老板枪杀，离开人世，临走前叮嘱白雪，千万不能去神农山。事实上，没有了父亲的阻拦，白雪终于可以如愿地前往神农山，就这样踏上了追逐野人的险恶之路。

尚氏集团苟老板听闻神农山住着一种神秘的野人，平均寿命能达到120岁以上，为了破解长寿密码，他决定让生物学家白雪寻找野人的踪迹。但白雪父亲白玉侠被苟老板枪杀，临走前叮嘱白雪千万不能去神农山。但没了父亲阻拦的白雪还是踏上了追逐野人的险恶之路

女主秦雨薇刚出生就被封为皇后，老皇帝驾崩后，新皇帝登基封她为太后。她化身三岁半小太后，拥有读心术，包括可以和各种小动物交流。长大后，她帮助国家击退各种入侵的怪物，拯救百姓于水火之中，维持国家的和平，同时也收获了属于自己的爱情。

在充满奇幻与冒险的动画世界里，《超级异兽金刚哥斯拉》闪亮登场！这部动画巧妙融合了金刚与哥斯拉这两位深受全球观众喜爱的巨兽形象，为小观众们带来一场别开生面的知识探索之旅。​

继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。