故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。 　　與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla　Destiny　Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。

让无数人倾心的名作《银河铁道999》在2003年放映的续集《银河铁道物语》所描写的隐藏在无限宇宙里的神秘，可以算得上是松本零士的集大成作品，它保留了《银河铁道999》的世界观，以高质量的映像来表现美丽的宇宙空间以及精密设计的列车。在《银河铁道物语》迎来感动的最终回的1年后，银河铁道管理局紧急来电，空间铁道警备队又下达了新的出动命令。——银河铁道无法阻止的行星、被改写的星辰记忆、被迫分离的父子。

《银河铁道物语》（ぎんがてつどうものがたり，THE GALAXY RAILWAYS）是纪念原作者松本零士漫画生涯五十周年的动画系列，分为2部电视动画与1部OVA，第1部电视动画是BS富士与富士电视台播放的动画，第2部电视动画是中部日本放送制作的动画

人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程…… 　　本片为《银河铁道999》第三部剧场版动画。

有时候，人们会在毫不自知的情况下做出导致灾难性后果的事。 混沌理论认为，在一个稳态运行的系统中，一个小小的变量往往 会引发剧烈的变化，并将这一状态称为“分歧点”。在日常生活 中，“分歧点”可以是那些命运发生突变的时刻:一个恶作剧便 这样成为了二十出头的阿尔乔姆和深谙世事的老警探各自生活中 的“分歧点”。 　　Often, we, without knowing it, commit actions, which leads to unexpected and, at times, catastrophic consequences. Chaos theory assumes that the bifurcation point is a state of the system where the smallest impact can lead to a drastic changes in the steady-state mode of operation. In our life, this is a moment or a point of fracture, which radically changes our destiny. The prank became for the main characters of the movie - twenty-year-old Artem and the wise experienced police officer - their personal ‘bifurcation point’.

故事发生在为了保护保护银河铁路而与アルフォート星团帝国激战后1年，新的威胁又向银河铁路迫近了。银河铁路的轨道上出现了原因不明的幻想空间，绝对不可能存在的街道、植被甚至还出现了美丽的大海……。连续的突发事件让银河铁路管理局陷入了前所未有的的恐慌。正在这时他们收到了从现在银河铁路已经不再停靠的的ヒーライズ星（别名：被遗忘时间的惑星）发来的微弱的求救信号。那是来自VIP银河超级特快999号的SOS求救信号。 管理局立刻派出了守护银河铁路空间安全的铁路警备队，俗称SDF(SPACE DEFENSE FORCE)的精锐天狼星小队前去营救。为了继承已故父亲和哥哥的遗志而加入SDF的主人公有纪学，为了解决这一系列的幻觉事件，向这一颗神秘惑星出发了。另一方面，向事故现场进发的星野鉄郎也收到了老邮差送来的没有署名的信，但收到信后铁郎才发现只有他能看见信上的文字。神秘的幻觉事件，被银河铁路绕过的惑星，收件人姓名消失了的信，他们能解开迷团平安回来么？

故事从一节星象课开始，主人公乔班尼是出生在贫苦人家的少年，他有一个值得信赖的好友，叫做柯贝内鲁拉。 　　孩子们盼望已久的星星节来临，乔班尼来到了远离城镇的气象轮山丘上，躺在草地上看着星空。然而身后的气象轮轴渐渐幻化成银河车站，等他反应过来时，他居然坐在一辆晃晃悠悠向前行驶的小列车上。这是一辆夜行轻便列车，他发现柯贝内鲁拉也在车上。他们乘坐着这列小火车，来到了如梦似幻的天上原野，看到迎风飘荡的芒草，还有美丽壮阔的银河…

主人公乔班尼是个出身贫困的孩子，他每天努力打工来养活被疾病困扰的妈妈。乔班尼的好朋友柯贝内拉家境富裕，家中有很多书籍，他常常邀请穷苦的乔班尼去家里读书。有一天，自然科学课上，老师拿出银河的图片向同学们提问，当乔万尼被点到的时候，他虽然知道答案，但却因为自卑而不敢回答，结果被一些同学耻笑。为了保全乔班尼的面子，柯贝内拉也对老师提出的问题沉默不答，而被老师和同学误以为连他这样的好学生也不懂。 在银河节的那天，乔万尼在路上遭到了同班同学贾奈利的嘲弄。贾奈利随后吆喝同学们去参加晚上的银河节水灯大会，可乔班尼却无法参加，因为他还要回家照顾妈妈。乔班尼终于累倒了，他躺在山坡顶上休息。过了不知多久，他突然听到一种奇怪的声音，睁开眼后意识到自己正与柯贝内拉乘在一列以银河为轨道行驶的列车之中。途中他们看见了许多美丽、奇异而又难以置信的景象：有人在白沙与水晶中发掘化石，有人在捕捉白鹭并用它们来制造糖果，一切都如梦境般不可思议…… 之后，他们又遇见了两个孩子与一位青年教师。从几人的交谈中，乔万尼得知他们刚才搭上了一艘撞上冰山而沉没的轮船，隐隐暗示着这辆列车的乘客身份并不寻常。当列车到达南……

未来世界，人类文明高度发达，智能机器人大量涌现，已在日常生活中占据重要的位置，而且人类为了获得永恒的生命，也尝试将自己改造为机器人。同时，一列名为“银河铁道999号”的宇宙列车担负起连接地球和宇宙文明的使命，星系从此不再遥远。 　　少年星野铁郎（野沢雅子 配音）的母亲被嗜好杀戮的机械伯爵杀害，他肩负母亲的嘱托，决定前往安达罗星云改造身体，为此不惜在车站抢夺他人的银河铁道999号车票，不过也因此邂逅了容貌与母亲极其相像的梅蒂尔（池田昌子 配音）。凭借梅德尔的帮助，他终于踏上999号列车，继而展开一段充满未知的旅程…… 　　本片为《银河铁道999》第一部剧场版动画。