本剧延续首季《锦衣迷踪》剧情，被要挟穿越到明朝寻找神秘药方的葛德霖被告知拿回的药方是假的，他将继续踏上穿越之旅，同时多方势力也纷纷露出水面，一张药方，两个时空，惊天阴谋即将浮现……

一名恋足癖连环杀手不断对女性发起袭击，一位警探立下誓言，不将罪犯捉拿归案绝不罢休。

故事发生在20世纪90年代，讲述了本已打算金盆洗手的摸金三人组胡八一 （ 张涵予 饰）、王凯旋 （ 姜武 饰）和Shirley杨 （ 卢靖姗 饰）在大金牙的劝说下又操起老本行，但原本以为只是简单任务的他们却因意外身陷危机，不得不重新踏上凶险万分的地下之旅 。

穿越回到了古代的秦昊，发现自己是个拥有双重身份的人。他本想以古代青楼龟公的身份一直伪装下去，可认识了皇帝之后，他自己应该利用现在的身份可以让这些时代少一些战争和杀戮。在这之后，他开始调整策略。 除了用自己的身份，平衡几方势力之外，他还将自己所知道的信息，有目的性的放出去，截断了几方人马，本来只能靠战争才能解决的事端。将本可能发生的战争给平息了下来！也让每个人都得到了应有解决，他自己依旧在青楼里，成为了最强龟公！

本剧讲述主人公葛德霖因拥有先祖血脉而被人要挟穿越到明天启年间成为锦衣卫寻找神秘药方，从而在古今两个时空经历生死迷局的故事。

锦衣卫千户沈默被害后，其貌酷似的市井无赖沈言为躲赌债，冒名顶替兄长之位。他既不懂武艺也不通刑狱，几次险些露馅，却凭市井智慧接连侦破贪腐案与少女失踪案，也因此触怒七皇子，被构陷流放。绝境中幸得脱身，周旋于明月教各方势力间。最终沈言联合众人挫败七皇子谋逆，为无数冤案平反。卸下面具的他不再活在兄长阴影下，坦然向邱静求婚，终得寻常安稳的圆满归宿。

明朝时，谢小蝶自幼随师前往天山学艺，十年间勤修苦练，终得功成艺就。奉师命下山后，她决心以所学锄强扶弱。一次机缘巧合，她偶遇了锦衣卫校尉梁虹艳。在前往京师的途中，江南重镇灵水县辖内的一座古庙频发人命案，死者均为来往江南的赶路商客，凶手身份成谜。当地府衙虽多次查访，却毫无头绪。朝廷收到奏报后，即刻派遣梁虹艳转道秘密探查此案。此后，性格与背景截然不同的谢小蝶和梁虹艳携手深入调查这些扑朔迷离的命案，凭借高超武功、敏锐直觉、缜密思维和洞察力，接连破解奇案。

山西总兵屈伟和独孤九箭在护送“金钱和美女”进京途中离奇被杀，而其随身宝刀“孟劳”却出现在江湖大盗陆坤手里，六扇门女捕头石依依、屈伟好友锦衣卫沐…

剧讲述了郑荣与郑良两兄弟得兵部尚书杨大人收养后，成为锦衣卫。东厂督主刘青设计让锦衣卫指挥使方明山派郑荣刺杀杨大人。郑荣悔恨错杀义父，作证人扳倒方明山。郑良搞清真相，解救郑荣，两人联手与东厂殊死一搏。

明朝年间，谢小蝶自幼随师上天山，学艺十年，功成艺就，奉师命下山，锄强扶弱，偶遇锦衣卫校尉梁虹艳。在去京师的路上，位于江南重镇的灵水县辖内的古庙屡现人命案，死者皆为来往江南赶路商客，不知遭何人毒手，当地府衙多番查访，却未有丝毫结果。朝廷得到奏报后，立即派遣梁虹艳转道秘探此案。从此，这两个性格迥异、背景不同的女子深入调查一个个扑朔迷离的命案，她们以自身高超的武功和敏感的直觉、缜密的思维及洞察力连破奇案。