德川二代将军秀忠时代，家康之孙松平信太郎在禅寺中长大，过着与政治无关的生活。一日，信太郎救下一名遭忍者集团袭击而受伤的忍者，此人名叫贺夜猿，是伊贺的逃忍。机缘巧合下，信太郎接到大御所家康的命令。原来，家康忧虑支持秀忠的本多上野介掌控政治实权，利用伊贺忍者推行残酷政策。为回应家康“代替自己惩处天下恶行、纠正政治错误”的愿望，信太郎为了正义踏上旅程。 主人公隐秘剑士松平信太郎由荻岛真一饰演，这部作品将时代剧与青春剧氛围相融合。配角方面，曾在前作中饰演雾之遁兵卫的牧冬吉扮演信太郎的搭档贺夜猿，而在前作中就出演反派的天津敏，此次饰演率领赤目十人群的宿敌赤目幻幽斉，延续了系列风格。

荻島真一版《隱密剣士》的續作。與前作作為正統派時代劇不同，此次製作團隊全新換血，劇集改為彩色，且不再拘泥於時代考證，而是以破天荒的動作劇形式展開。 傳聞越後國出現了一個神秘行者，會拐帶大量人口。隱密剣士松平信太郎聞訊趕到，竟遇到了神秘忍者組織“暗闇一黨”的成員“闇の行者”。隨後，“黒の将軍”“風の魔神”等怪異忍者紛紛出動，對信太郎展開攻擊。信太郎隨即與少年新吾結伴，新吾之父正是被“暗闇一黨”所害。此外，忍者賀夜猿也加入了他們的行動。 第一集中，噴火戰車亮相。除此之外，操縱怪龍的怪人、形似西洋甲冑的鐵人形、裝載炸彈的怪鳥兵器、腳蹬溜冰鞋在凍湖上滑行突襲的忍者等，追求畫面趣味性與衝擊力的設定和怪異兵器層出不窮，還大量融入特攝場景，呈現出科幻時代劇的樣貌。

天明7年（1787年），担任老中首座及将军辅佐役的松平定信（美川洋一郎），为重建幕府财政，委托秋草去探索虾夷地的资源。松前藩收到江户藩邸报告，称有公仪隐秘潜入虾夷。藩主松前志摩守道广（立松晃）误以为幕府要让他们藩国替到别的地方，因而愤怒不已，他命令松前藩第一剑客、甲源一刀流高手鬼场阵十郎（胜木敏之）去抹杀隐秘秋草。秋草一边救助被不法之徒、缺德商人以及阿伊努凶恶酋长等恶人欺虐的虾夷地开拓民和善良的阿伊努民族，一边与紧追不舍的鬼场阵十郎展开战斗。

寛政2年（1790年），江户城部分区域及市区内，纵火引发的火灾频繁发生。遁兵卫居住的伊贺组屋敷也遭遇火灾，潜入的忍者将遁兵卫的同僚左平内（川副博敏）伪装成自杀杀害。这是忍び七十三流之一的白山流忍者錣甚五佐（牧田正嗣）所为。此后，甲州流、户隐流等“忍び七十三流的末裔”各流派忍者接连现身，不断向秋草发起挑战，企图取其性命。在这些忍者背后操纵的甲贺的金刚（天津敏），让七十三流的忍者相互竞争，向对幕府心怀不满的诸大名展示他们的实力，试图让大名们雇佣这些忍者，使世间重回忍者能充分施展能力的战乱时代。为了与七十三流的忍者对抗，秋草和遁兵卫沿着中山道前往甲州街道继续旅程。故事终盘，幻流忍者瞳太不仅觊觎秋草的性命，还盯上了处于忍者顶点的金刚的性命和地位……

松平定信（加賀邦男）命令雾之遁兵卫等伊贺同心三ノ组的三名忍者潜入有抜け荷疑惑的九州肥前不知火藩，之后这三人失去了消息。担心遁兵卫安危的秋草前往九州，却发现不知火藩中，忍者集团傀儡忍者的头领黑风堂幻心（大竹タモツ），正操纵着对幕府怀有敌意的藩主不知火雅楽頭（森山周一郎），利用抜け荷赚取的资金获取大量武器弹药，妄图武力推翻幕府。潜入不知火藩的秋草救助了被要求协助抜け荷工作的隐れ切支丹们，并与黑风堂幻心及傀儡四天王展开对决。傀儡忍者企图取秋草性命，甲贺的金刚（天津敏）为亲手打倒秋草来到九州，还与黑风堂幻心为敌，秋草、傀儡忍者和金刚三方之间的战斗就此展开。

黒潮党盯上了持有村上水軍留下的秘宝线索的お静。老中・松平定信命令遁兵衛和真之介去保护她，由此，他们的战斗拉开了帷幕。

松平定信（加賀邦男）的江户屋敷来了自称来自甲贺的幻之谷的“幻之众”七名甲贺忍者。幻之众称是受定信邀请而来，但定信并无印象。负责定信身边警卫的伊贺忍者被幻之众当作试手，轻易打倒，幻之众离开定信屋敷后，甲贺五十三家笔头忍者·甲贺的金刚（天津敏）出现，告知幻之众是被黑暗御大老招来的。对定信怀有个人怨恨的黑暗御大老，命令金刚和幻之众暗杀定信的心腹奉行们、幕府御用豪商，以及秋草和雾之遁兵卫等总计二十一人，目的是孤立定信使其失势。目付役笔头遭幻之众暗杀的现场被秋草撞见，秋草与遁兵卫、伊贺同心三之组的忍者们合作，为阻止暗杀计划，以江户为舞台与甲贺的金刚和幻之众展开对决。 这部第八部使用了东映京都摄影所……

德川御三家之一的纪州德川家，其江户家老内藤大学（武藤英司）指使根来忍者头领牙竜道士（吉田義夫），通过祈祷咒杀了卧病在床的藩主纪伊中纳言。内藤企图拥立纪伊中纳言年幼的次男吉纲为新藩主，为实施自己成为吉纲监护人并掌控纪州藩的计划，他命令牙竜道士暗杀作为世继对立候补的长男纪伊頼方（添田武利）。察觉到这一阴谋的纪州藩国家老织部飛騨守（青野平義），命令手下纪州流忍者纪州组的7人护卫頼方。牙竜道士打算利用内藤让吉纲成为藩主后，暗杀家斉并让吉纲成为将军，从而在暗中操纵天下。秋草受松平定信秘密委托，与雾之遁兵衛一同参与到纪州家的继承人争夺风波中，站在了织部飛騨守和纪州组这边。遁兵衛的师傅、居住在伊贺之里的上忍名張半太夫（小林重四...

以甲贺白云斉（小林重四郎）为首的甲贺忍者集团，其忍者・いざないの夢助不断对江户的商家进行袭击。这背后是尾张德川家的阴谋，他们企图借此恶化治安，让将军家斉失势。两年前，受松平定信命令潜入尾张藩后便行踪不明的伊贺同心・大月五郎太，在身负濒死重伤的情况下，于归途中知晓了闇法師的存在。曾在第三部登场、被秋草改造了右腕的“伊贺十忍”成员水口幻斉，此次作为闇法師的帮手再度现身。而暗中操控闇法師和尾张藩的幕后黑手・闇の御隠居，向对幕府政策持批判态度的全国谱代大名发出号召，让他们在赞同尾张德川家的连判状上署名，打算在全国大名齐聚的日光东照宫举行的德川家康大法要上，以连判状为依仗，迫使家斉将军退位……

松平定信（美川洋一郎）得知在幕府直辖的天领甲州山中，有武田信玄留下的隐密金山，且有人私自开采。他派遣密探田辺孫太夫（高松政雄）前去调查。田辺完成调查，即将返回向定信复命时，被甲贺忍者名張左伝（高木二朗）杀害，这一幕被秋草目击。松平定信委托秋草寻找隐密金山的管理者和幕后黑手。在此过程中，秋草遇到了少年馬場周作（大森俊介），周作遵照失踪父亲的嘱咐，从甲州深山来到西念寺拜访呑海和尚后前往江户。原来，受尾張徳川家指使，甲贺忍者为筹措颠覆幕府的军资，绑架了周作的父亲和甲州百姓，强迫他们在隐密金山从事采矿工作。秋草和周作前往甲武信ヶ岳，然而在甲州街道上，以甲賀竜四郎（友田輝）为首的忍者集团甲贺十三人众早已设下埋伏等待着他们。