韦小宝（周星驰饰）与神龙教圣女龙儿结仇，龙儿回到圣坛易容（变成了林青霞），并接任了教主之职、韦小宝奉皇上旨意，到云南安抚即将造反的吴三桂父子，路上被独臂神尼、神龙教、天地会、云南王等多方势力挟持终得化险为夷、还赢得了包括龙儿在内的众多姑娘的芳心。韦小宝到达云南并顺利地打击了吴三桂父子，回到京城受到皇帝赏识，但由于此时韦小宝身份过于复杂，韦小宝得到了《四十二章经》的启示，找到了满清宝藏，为皇上除掉了坏人，荣归故里。

韦小宝（周星驰 饰）要护送建宁公主（邱淑贞 饰）嫁到云南，在途中遇到了独臂神尼的刺杀。小宝被抓走后，借口拜神尼为师，其实是想追求其徒弟阿珂（李嘉欣 饰）。不料韦小宝被神龙教圣女龙儿（林青霞 饰）抓走，想要报了之前在王宫里埋下的仇恨，却没想到遭到了平西王的陷害。韦小宝极力相救，龙儿以身相许更把绝世武功传于韦小宝。韦小宝与公主之间的事情被平西王发现了，平西王更提前造反，小宝将贪图富贵的冯锡范骗到东郊皇陵，没想到那里竟然是大清龙脉……

该片承接上集假太后潜入宫中谋夺皇位计划失败后，逃脱返回神龙教坛向教主请罪，及后教主道出自己已时日无多，下令假太后现身变回龙皇接杖神龙教主之位及辅助平西王吴三桂登上皇位。宫庭内康熙皇帝设宴款待平西世子，怎料韦小宝被发现是丽春院的小子，及后皇上宣布赐婚其妹建宁公主给吴应熊，下令小宝与众臣护送出嫁。驿馆中，多隆哭诉小宝被奸人害死，怎知小宝出现，吓至多隆面容失色，逼他出街大叫“反清复明”找出反贼陈近南，怎料双皇一早设计使多隆闯入平西王兆讲匪府遇见吴三桂，多隆以为吴三桂是陈近南而大叫口号，被王府众侍卫狂打。 众人骑马逃走时，怎被皇上及大批官兵追上包围，最后康熙亦念旧日之友情及建宁公主，而放过所有人。

本剧改编自金庸先生的同名小说《鹿鼎记》，讲述了出身于社会最底层的韦小宝“飞黄腾达”的传奇经历。扬州少年韦小宝搭救了落难好汉茅十八后，随他来到北京。从此，韦小宝开始了他传奇的人生。阴差阳错中，韦小宝进宫做了太监，并和少年康熙皇帝成为莫逆之交。然后，他更有了很多的不同身份。他周旋于在宫廷和江湖中，历经无数风险，但却倚靠自己的聪明、无耻等等手段化险为夷。大难不死，必有厚福，他的官位越来越高，他的财富与日俱增。在忠与义之间，他最终做出了隐退于江湖的人生抉择。

清朝初期，康熙皇帝尚且年少，奸臣从中控制政权，民不聊生。“天地会”是一个推翻清朝的民间组织。“天地会”首领陈近南（刘松仁 饰）在一次行动中幸得韦小宝（周星驰 饰）相救，小宝就此加入天地会，被派到王宫当卧底，偷取藏有清朝秘密的四十二章经。聪明机灵的小宝很快便成为了皇上的心腹，做了大官。小宝陷入了两难的状态，他既要执行任务却又跟皇帝成为了好朋友。就在小宝想要逃走之际，师父陈近南也找到了他，并派人监视他回到王宫。不久，小宝便受到了鳌拜同盟以及假太后的追杀，与天地会的人大战起来。

出生市井的小人物韦小宝，在不会任何武功的情况下，因机缘巧合闯入江湖和皇宫，凭借超凡智慧周旋于武林帮会和朝堂之间，一路向上攀升的故事。韦小宝先是…

为人聪明圆滑的韦小宝（陈小春）因义气帮助“反清复明”组织天地会击退清兵后，稀里胡涂接受该组织命令潜入宫中做了未净身的假太监，准备伺机偷取藏有清…

韦小宝（李小飞）刁钻聪敏，自小随母居扬州妓院，因义气助天地会人打退清兵，被老太监私禁宫中冒充小太监。后与少年皇帝康熙（周绍栋）成莫逆之交，并协…

出身市井、刁钻油滑的韦小宝因偶然知悉宫中秘密，冒充小太监入宫，助康熙擒获权臣鳌拜而成莫逆，又被天地会总舵主陈近南收为弟子，却因陈要其剌杀康熙，令其左右为难。小宝无意中得知康熙先帝顺治仍在世，而被派赴五台山探望，施妙计令康熙父子团聚；并力助康熙，出使云南，成功揭露吴三桂勾结外族和邪教图谋造反的阴谋，助康熙平定三藩，剿灭神龙教；既助罗刹国苏菲娅公主成功夺权，又击退罗刹国入侵，迫使其签下和约。屡立奇功的小宝被封一等鹿鼎公，受到众多红颜知己的青睐，尽享齐人之福。康熙在江山大统后命小宝剿灭天地会，忠义难两全的小宝无奈退隐江湖。

故事以寻找四十二章经为骨干，叙述扬州妓女韦春花（邵音音饰）之子韦小宝（汪禹饰）于一次因缘巧合中结识反清志士茅十八（关峰饰），为拯救因反清大业被…