晚清期间，黄飞鸿作为南派少林武功传人，在佛山一带已具盛名。某日，黄带同徒弟梁宽及牙擦苏到广州接远从美国回来的十三姨。三人路经铁路工地时，无故惹来工程总管十一少粗暴对待，继而产生争执。不久，黄因出面阻止十一少在闹市胡作非为，双方积怨日深，但却深受猪肉荣等坊众爱戴，恳请黄在当地开办“宝芝林”，设馆授徒，悬壶济世。开张之日，十一少竟派狮队前来抢青捣乱，并假借洋人之手置黄于死地，无奈技不如人，十一少阴谋未能得逞。他本身为关帝厅头目，恃着何提督撑腰，暗中从事贩卖鸦片、人口等罪恶勾当，一直视黄为深腹大患，急欲除之。后得悉黄与反清志士来往，密报提督将其收监并施以凌辱。 众人为救黄四处奔忙，适逢提督受洋人压力，惟有将之释放，但下令将黄等人逐出广州。黄深感不平，途经铁路工地时，得知十一少等贩卖人口罪证。黄为了匡扶正义，救牙擦苏，实行深入虎穴。

白莲教徒接下满清大臣纳兰元述所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿、十三姨与梁宽异常气愤。 在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

关东高手严振东南来佛山，生活潦倒。为扬名他挑战黄飞鸿却遭拒，后干脆砸了"宝芝林"武馆的招牌，一时名声大噪，被洋商收买对付黄飞鸿。梁宽爱上十三姨，…

剧情描述，清末民初，洋人高登欲聘一名武功高强的总保镖，公开征求各方武林高手报名比武。黄飞鸿（谷峰 饰）之表亲麦根（简森 饰）力图此职，惟恐黄飞鸿与之争夺，是以借机踢盘滋事，旨使彼在武林中失威。最后总保镖之职竟由土匪头子李天道（王侠 饰）夺得……

民國初年，由於軍閥橫行霸道，使中國社會治安甚差。廣州市有一群自稱「百二友」的歹徒，以惡霸石老爺及大辮銳為首，經常聯群糾黨去劫奪搶掠，無惡不作令市民甚為驚惶。廣州市有一間藥店寶芝林，由為人敬重的黃飛鴻主持。一日，戲院義演，黃飛鴻捐錢買戲票給徒兒看戲。大徒兒梁寬及師弟凌雲楷、鬼腳七來到戲院，剛巧歹徒「百二友」等人正毆打一青年。梁寬見狀上前幫助，黃飛鴻與「百二友」的恩怨亦由此而起。

黄飞鸿凭一招“佛山无影脚”战胜石坚，佛山居民视他若神明，令他不胜其烦。一日，鸿及徒弟被邀赴广州为灾民筹款，鸿初拒绝，但被徒弟猪肉荣说服，并由荣假冒鸿，应付一切，到达广州，鸿巧遇东，一见如故，后得知东希望能与鸿会面，但鸿苦于未能展露身份，遂嘱牙擦苏冒充自己，搅出笑话连篇，其后在重重误会下，东更被十三姨以为有染而下遂客令。东被利用冒充鸿，遂与鸿展开一场生死决斗。

一代宗师黄飞鸿正恶战贩卖鸦片的汉奸、洋人，却意外落入时空隧道，误闯当代毒贩交易现场。陷入时空困境武艺尽失的黄飞鸿，机智侠义的准警校学员林耀辉，古灵精怪的瑜伽师，无辜卷入的咖啡店员，面对时空穿越学来一身武艺的黑帮头领，布下天罗地网的贩毒集团，一场恶斗一触即发……看摩登黄飞鸿如何寻找时空之门中遭遇凶险搏杀，行侠仗义，找到回家的路。

故事发生在清末年间广州西关，黄非庸原是小型粤剧戏班里的小角色，小时曾被一侠客所救免遭恶人的毒手，他一直都认定救他的就是当时传闻中的英雄黄飞鸿。一次，黄非庸阴差阳错的让人误认为是黄飞鸿，触发了他伪冒黄飞鸿的念头，为了对抗黑恶势力的迫害，也为了生计，他与好友牙擦苏开始合计开办“宝芝林”。随后，他们在寻找合适的人来伪扮梁宽和林世荣的时候出现了一次又一次面临“穿帮”的危机……

黄飞鸿梦见莫十三被巨型蜈蚣掳走，从噩梦中惊醒。回忆三日前，莫十三前往古云村调查孩童失踪事件后失去联系。黄飞鸿担心其安危，带领梁宽、猪肉荣和牙擦苏进山寻人。众人抵达古云村后发现村庄阴森死寂，一户村民家中竟出现两个年幼却苍老如老人的孩子。黄飞鸿把脉后发现二人并非患病，而是中了诡异蛊毒。

清朝末年，洋人作恶，清政府政权日渐消弱，广州衙门在曹公公的庇护下勾结黑帮与洋人，卖国求荣，敛不义之财，黄飞鸿心系民众，得知衙门的黑暗，为民请命，大闹黑衙门，经过一番殊死的较量与斗争，最终驱逐了洋人势力，肃清了黑帮行为，惩恶扬善、保家卫国！