清朝同治年间，古老的帝国行将就木，重要通商口岸广州珠江口正沐浴在最后的繁荣和血腥搏杀中。码头上黑虎帮和北海帮为非作歹，杀伐不断，而底层劳工饱受欺凌，朝不保夕。自幼习武的阿飞黄飞鸿（彭于晏饰）在黑虎帮混迹五六年，他以死士身份取得北海帮主的首级，从而被黑虎帮老大雷公（洪金宝饰）收为第四个义子。雷公心狠手辣，手下更有三个蛇蝎心肠的义子助纣为虐，为了赚钱不惜逼良为娼，草菅人命。阿飞凭借高强的武功很快成为黑虎帮内的一只猛虎，然而他在打杀之外似乎隐藏着不可告人的秘密。另一方面，父兄被黑虎帮卖到海外而无依无靠的孩子们，在赤火（井柏然饰）、阿春（王珞丹饰）等人的号召下组成孤儿帮，他们正试图向有着血海深仇的黑虎帮展开复仇……

关东高手严振东南来佛山，生活潦倒。为扬名他挑战黄飞鸿却遭拒，后干脆砸了"宝芝林"武馆的招牌，一时名声大噪，被洋商收买对付黄飞鸿。梁宽爱上十三姨，…

剧情描述，清末民初，洋人高登欲聘一名武功高强的总保镖，公开征求各方武林高手报名比武。黄飞鸿（谷峰 饰）之表亲麦根（简森 饰）力图此职，惟恐黄飞鸿与之争夺，是以借机踢盘滋事，旨使彼在武林中失威。最后总保镖之职竟由土匪头子李天道（王侠 饰）夺得……

民國初年，由於軍閥橫行霸道，使中國社會治安甚差。廣州市有一群自稱「百二友」的歹徒，以惡霸石老爺及大辮銳為首，經常聯群糾黨去劫奪搶掠，無惡不作令市民甚為驚惶。廣州市有一間藥店寶芝林，由為人敬重的黃飛鴻主持。一日，戲院義演，黃飛鴻捐錢買戲票給徒兒看戲。大徒兒梁寬及師弟凌雲楷、鬼腳七來到戲院，剛巧歹徒「百二友」等人正毆打一青年。梁寬見狀上前幫助，黃飛鴻與「百二友」的恩怨亦由此而起。

黄飞鸿凭一招“佛山无影脚”战胜石坚，佛山居民视他若神明，令他不胜其烦。一日，鸿及徒弟被邀赴广州为灾民筹款，鸿初拒绝，但被徒弟猪肉荣说服，并由荣假冒鸿，应付一切，到达广州，鸿巧遇东，一见如故，后得知东希望能与鸿会面，但鸿苦于未能展露身份，遂嘱牙擦苏冒充自己，搅出笑话连篇，其后在重重误会下，东更被十三姨以为有染而下遂客令。东被利用冒充鸿，遂与鸿展开一场生死决斗。

电影《黄飞鸿之南北英雄》讲述的是中西文化碰撞的时代，一代宗师黄飞鸿以沉稳和睿智的特性，辗转于北拳的挑衅与洋人入侵的双重忧患中。突如其来的灾难，…

一代宗师黄飞鸿正恶战贩卖鸦片的汉奸、洋人，却意外落入时空隧道，误闯当代毒贩交易现场。陷入时空困境武艺尽失的黄飞鸿，机智侠义的准警校学员林耀辉，古灵精怪的瑜伽师，无辜卷入的咖啡店员，面对时空穿越学来一身武艺的黑帮头领，布下天罗地网的贩毒集团，一场恶斗一触即发……看摩登黄飞鸿如何寻找时空之门中遭遇凶险搏杀，行侠仗义，找到回家的路。

故事发生在清末年间广州西关，黄非庸原是小型粤剧戏班里的小角色，小时曾被一侠客所救免遭恶人的毒手，他一直都认定救他的就是当时传闻中的英雄黄飞鸿。一次，黄非庸阴差阳错的让人误认为是黄飞鸿，触发了他伪冒黄飞鸿的念头，为了对抗黑恶势力的迫害，也为了生计，他与好友牙擦苏开始合计开办“宝芝林”。随后，他们在寻找合适的人来伪扮梁宽和林世荣的时候出现了一次又一次面临“穿帮”的危机……

黄飞鸿梦见莫十三被巨型蜈蚣掳走，从噩梦中惊醒。回忆三日前，莫十三前往古云村调查孩童失踪事件后失去联系。黄飞鸿担心其安危，带领梁宽、猪肉荣和牙擦苏进山寻人。众人抵达古云村后发现村庄阴森死寂，一户村民家中竟出现两个年幼却苍老如老人的孩子。黄飞鸿把脉后发现二人并非患病，而是中了诡异蛊毒。

清朝末年，洋人作恶，清政府政权日渐消弱，广州衙门在曹公公的庇护下勾结黑帮与洋人，卖国求荣，敛不义之财，黄飞鸿心系民众，得知衙门的黑暗，为民请命，大闹黑衙门，经过一番殊死的较量与斗争，最终驱逐了洋人势力，肃清了黑帮行为，惩恶扬善、保家卫国！