剧情讲述印度加尔各答修道院的克罗塔修女奉调到纳普修道院当院长，纳普修道院在印度北方海拔8000尺高山上，常年刮着强风。克罗塔建立学校和医院，连小将军都来受教育。克罗塔虽从百废待兴中辛勤工作，治理得有条有理，但年轻的修女们在偏远高山上全凭自律修持，唯美的环境使精神受到挑战，在不断的诱惑下，无法把持者只有放弃圣职。在此中有如智者所言，只有圣者和俗人可能生存——因为生活在大自然中只有修身养性或是随波逐流。后来，发生了幼儿病死及露丝修女因爱恨还俗并欲杀害院长反坠入深谷等事件，克罗塔也因此离开纳普修道院以弥平心中的伤痕。

汉江上发现一具浮尸，死者杨达洙是一个毒贩。警员杨河接手负责这宗谋杀案，他从尸体上发现了一些蛛丝马迹——一副特别由日本制造的金丝眼镜、一张写着有“大良”字眼的个人名片和两帧照片。通过对照片中环境的推断，杨河来到戈九岛一家幼儿园调查，在这里他找到一本封面是水仙花的日记本。这个日记本是战时一名南韩劳动党间谍“黑水仙”苏芝熙的日记，年代已经十分久远，在这本日记里，杨河发现了一个发生在五十年前惊心动魄的秘密，也通过这本日记找出了真正的凶手。

为救被大卫狠心灌下回魂汤药命悬一线的妹妹陈暖，文俊与女友陈熙带领好兄弟丁次踏上神秘荒岛黑水岭，展开惊险刺激的求药之旅。黑水岭奇幻力量交织，充满诡异幻象。挂满林间枝头的尸体、越陷越深的危险幻觉、血红大字写着的“登岛者死”…… 这座荒岛令人不寒而栗，逃无可逃。陈暖的善良化解了岛上族人后裔朱婆婆的恨意，在朱婆婆的带领下，一行人进入朱氏祖陵地宫寻宝，当他们以为寻得回魂药引之事有了一线生机之时，没想到更大的危险却正在等待着他们。面对来自未知领域的生死考验，面对超自然的惊悚冒险，回魂药引背后的玄幻奥秘将被揭晓，大卫和黑水岭朱氏一族的仇与恨也将揭开。爱与恨的交织之间，善与恶的一念之差。文俊将如何带领众人突破层层迷局，唤醒沉睡的神秘传承，成功找到解药？

在另一个星球、另一个时空中，一千年前魔水晶遭到了破坏，从此造成了这个魔幻世界黑暗混乱的开始，千年后魔幻世界的三颗太阳将在天空中交会成一直线，如果在这个天文交会时期前，没有将缺陷的魔水晶复原完整的话，握有缺角魔水晶的邪恶史基斯一族将获的长生不老的机会，这样一来魔幻世界里的生物，将陷入万劫不复的地步，而唯一能阻止史基斯一族邪恶力量的重责大任，就落在仅存的葛弗林族人-间的身上.....

蔡明亮在1999年去了吉隆坡，当时马来西亚爆发首相安华的丑闻事件，安华定罪入监，在当地社会引起极大的回响。同时间，大量外籍劳工在街上游荡，他们在亚洲金融风暴期间失去了一切身家，致富的梦想也破灭了。 　　导演蔡明亮依此着手拍摄关于他们的电影，多年后面貌更改，成为后来的《黑眼圈》。《沉睡在黑水之上》记录了蔡明亮在2006年回到吉隆坡拍摄《黑眼圈》的实况。

北满的一哈尔并，日军因局势所变加紧了对抗日战士的围剿，青年黄志刚决心以个人之力对日军实行暗杀，黄志刚的几次行动都有惊无险地逃过了敌人的抓捕。一次，黄志刚因为受伤躲在了护士李慕贤所在的医院，两人渐渐相爱了，李慕贤劝黄志刚加入抗日军队，两人相约志刚病好后就加入部队。医生陈君一直喜欢李慕贤，因为求婚被拒迁怒于志刚，竟向宪兵队长告发了他，谁知李慕贤和志刚一起被抓进了监狱，陈君懊悔不已遂杀死了宪兵队长，最终他为了掩护大家逃狱而牺牲。

蔡明亮在1999年去了吉隆坡，当时马来西亚爆发首相安华的丑闻事件，安华定罪入监，在当地社会引起极大的回响。同时间，大量外籍劳工在街上游荡，他们在亚洲金融风暴期间失去了一切身家，致富的梦想也破灭了。 　　导演蔡明亮依此着手拍摄关于他们的电影，多年后面貌更改，成为后来的《黑眼圈》。《沉睡在黑水之上》记录了蔡明亮在2006年回到吉隆坡拍摄《黑眼圈》的实况。

故事设定在上一集的几百年后，世界再一次落入黑暗之中，为了点燃星球中心的正在衰竭的太阳，男女主人公必须首先偷到黑水晶。