近未来大都市一角有一座忍者宅邸。住在此处的忍者一族石动家的长女·律花，从小便憧憬着身为研究人员的父亲。她原本以为自己平凡而幸福的生活会一直持续下去，但就在某一天，宅邸突然遭到了袭击。面对走投无路的危机，律花决定勇敢地挺身而出—— 成为斩断黑暗的“黑”吧！

1931年9月19日，天津。富商顾汉森的养子方天翼得知“九一八”事变的消息后，砸了一家日本会馆，跟会馆的日方工作人员松下健起了争执。回家后，得知世兄廖思成即将从日本回国的消息，方天翼心情复杂。原来，方天翼一直暗恋顾汉森的女儿顾婷，而顾婷从小就暗恋廖思成。就当方天翼还来不及理清自己思绪的时候，得到廖思成的父亲因为拒绝和日本人合作而被暗杀的消息。看着伤心的廖思成，方天翼发誓要帮廖思成报仇。两人决定去刺杀日本关东军特务机关长土肥原贤二，不料被一直监视廖思成的日本特务山口一男察觉，刺杀失败，方天翼、廖思成被捕。在顾婷的帮助下，方天翼和廖思成越狱成功，三人决定去南京投考复兴社。临行前，廖思成在留日同学李长城的介绍下，秘密加入中国共产党。到了复兴社，成绩突出的方天翼很快受到戴笠的重视，派他到上海执行诱捕投日上海站站长丁千木的任务，在上海站俞梅和义妹顾婷的配合下，方天翼出色完成任务。方天翼的出色表现让戴笠赞赏不已，让他以“黑狐”为代号，杀鬼子、除汉奸，极大打击了日军士气。土肥原贤二命学生松下健一定要查出“黑狐”的真实身份。而此时的方天翼在与俞梅的交往中，渐渐爱上了俞梅，但令方天翼没想到的是，俞梅竟然是中共地下党员。1937年7月7日，中日全面战争爆发。日本关东军参谋总部数次机密外泄，引起了土肥原贤二的高度重视，他查出所有的事情都与一个代号叫“野狼”的人有关，他让山口一男全力搜捕打入日军内部的国民党间谍和“野狼”。而此时，戴笠发现已经有日本特工盯上廖思成，他决定将计就计，命廖思成到南京查明当年失踪宝藏的下落并执行16号密令，并命方天翼配合廖思成的行动，并伺机查明廖思成的真实身份。在南京，方天翼和廖思成经过努力，终于获得16号密令的图纸。在得知16号密令的内容后，销毁了图纸。在俞梅、顾婷和廖思成日本恋人大岛由美的配合下，方天翼获取情报，阻碍了日军继续进军的步伐，并成功在南京城制造了混乱，并将反应日军暴行的两卷珍贵胶卷在国际上公布。在此期间，方天翼发现了廖思成、俞梅和大岛由美的中共地下党身份，但注重兄弟情义的他并没有将此事上报给戴笠，而且，看到戴笠为了打击日军想牺牲南京几十万百姓生命和共产党对个人的尊重，方天翼的思想发生了转变。而此时，松下健发现了方天翼“黑狐”的真实身份，双方较量中，廖思成、俞梅先后牺牲，方天翼也在两人感召下，和顾婷加入新四军。加入新四军后的方天翼继续跟坂田之助为首的日军展开较量，他组建“黑狐突击队”，充分展示他军事上的天分，夜袭句容县城、炸毁虹桥机场，令日军闻风丧胆，方天翼也最终干掉坂田之助。“皖南事变”后，新四军重建军部。方天翼也踏上了新的征途 。

1945年，为彻底击溃妄图扭转战局的日军，中共中央南方局派王文渊 （ 吴承轩 饰）前往湘西战场。王文渊潜入日军核心机要部门盗取了日军作战计划情报，同时还发现了日军试图暗杀中国守军高级将领的“蝙蝠计划”。为阻止日军阴谋，王文渊只身进入重庆，与日本特工波田久雄 （ 景岗山 饰）展开生死对决，为赢得抗战胜利立下战功。抗战胜利后，国民党悍然挑起内战，却遭遇覆灭的下场。国民党军官宋永峥 （ 康杰 饰）奉命留在贵州，寻机对贵州展开一系列破坏行动。王文渊针锋相对，粉碎了宋永峥的阴谋。宋永峥不甘失败，纠集一伙山匪四处破坏，伺机反攻。为彻底消灭匪帮，赢得全国的解放，王文渊率部进山剿匪，与宋永峥展开了一场殊死搏斗。

1945年7月，苏联军事专家加夫里尔（罗飞），携重要情报到中国，途中被日军劫持。国民党派马龙川带领的特别行动队营救惨遭失败。与此同时，八路军王文渊受命与黑狐突击队精锐汇合，经历重重艰险，将罗飞成功营救。

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