短片开始对故事背景做了介绍，“在很久很久以前，基斯里巴王国长期遭受欺压，为了反抗霸权，在国王的英明领导下，他们发明了震撼世界的大型团体操，在一次十万人排练时，由于人数过多，引发了地震波。周围国家均有震感。然而，万恶的美帝却硬要说他们在搞核试验，并以此为借口，悍然对他们实施禁运制裁和封锁。在封锁之下，他们的物资极度匮乏。然而在国王的英明领导下，英勇的基斯里巴人不畏强权，奋起反抗，展开了前仆后继艰苦卓绝的反封锁斗争......” 　　故事讲的是在这样的背景下，王国派去很多特种兵去中国购买秘密物资，但都遭遇黑衣人的暗杀，最后派最强悍的007前去执行任务。原来任务是获得一瓶XO，司令给007一大笔钱，让他去购买XO。007来到中国，但买不到，因为安理会禁止中国把酒卖给基斯里巴王国，最后黑帮要007带10万块钱买她的XO。007来到交易地点，黑帮声称自己也是被逼的。交易完毕，没想到钱是假币，黑帮与007展开激烈的对战，结果007打败黑帮，带着XO逃往边境，这时遇到一直跟踪他的黑衣人，黑衣人要夺走007的XO，两个人展开争斗。黑衣人露出真面目，竟然是美帝的总统小布什。他用夺取007印有国王的荣誉徽章并当众弄坏的方法使007精神崩溃。原来007是在国王的帮助下才从一个无家可归的流浪汉成为特种兵的。在危急时刻，围观的中国人看不下去了，于是集体帮助007对抗小布什。在集体的力量下，小布什被打飞到地球之外。007终于获得了胜利。但当人们看=见到名贵的XO后，争相抢着看，结果XO摔碎在地，人群一哄而散，007失声痛哭。就在这时，黑帮老大走过来，他被007感动了，把一瓶XO无偿的赠送给007。007拿着XO去见国王，没想到这是一瓶有毒的XO，国王喝下后当场死亡....... 　　不久，造假酒的工厂被公安部门查封，但造假者口口声声的说是被逼的，原来幕后黑手是一个叫“胡戈”的人。警察机关很快抓住了正在公寓数钱的胡戈，一顿暴打后，胡戈死活不说，于是警察开始了对胡戈的群殴......

影片中的特别行动组专门负责追踪外星人的下落，记录他们的动向。行动组每人都身穿黑衣，打黑色领带，比华盛顿官员和华尔街阔佬还要庄严肃穆。行动组的老将代号老K，从来不笑。为了增强战斗力，上级给他派了一个年轻的助手，代号小J。一个外星人飞碟击中山里人埃德加的卡车，并像鬼魂附体一般附在他身上。这个被“占领”的埃德加必须利用一个被占领的星座来攻克地球。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K的搭档。J应对的第一起事件就是…

所有人都需要一个领导者。必须有人带领他们，即使是一个病人。黑衣男子站在公共汽车站，警告所有新来的人排队。队列变长了…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。 　　崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

故事发生在未来时代，由于宇宙战乱不断，大批外星人纷纷到地球避难。这里所说的黑衣人专门对付外星人的特殊警察，他们的职责就是监视在地球上生活的外星人以及外星人对地球有什么举动。这次，他们发现的是邪恶的外星人对地球采取的秘密入侵和破坏的计划。于是，他们决心与外星人做拼死一战。战斗打响后才发现，敌人是破坏力极强的虫类怪兽。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球…