破解隱藏在「紫雲龍」與「日記」當中訊息所浮現出天才藝術家‧九頭龍匠本身的謎究竟是……？而特別班所面對的全新事件，是被水泥磚所封死的完全密室殺人！為了保護村子免於被水壩所淹沒，傳說中的守護神「魔矢姬」用〝人柱的詛咒之火〞將入侵者燃燒殆盡……！

賽柏拉斯的多重密碼解讀成功！解讀的結果是「冥王星」的三名間諜……本鄉、片桐、真木，特別班於是展開調查！他們的真面目究竟是誰？另一方面，失去孩提記憶的小流在此時得到線索！也就是小惠曾經待過的國立能力開發研究所！意外的線索帶來意外的展開！尋找真相吧！小Q！

小Ｑ、小流、小惠、金太以及數馬終於當是Ｑ　ＣＬＡＳＳ的一員，而他們接下的第一份工作是神隱村發生的──「憑空消失」事件；在經過團先生稍微的試驗下，一行人於是前往案發的現場希望能尋出事實的真象。在到神隱村前，他們必須先經過葫蘆村，沒想到殺人案件竟開始展開。小Ｑ跟小流他們能順利解開層層謎團抓出兇手？憑空消失又是──！？

小Q跟小惠在舊校舍找到了團偵探事務所的保險箱。在其中所擺放的老舊名片上所印刷的，竟然是解救身陷綁架事件的小Q…送給他「偵探心得手冊」的那位「偵探大叔」的名字！他與團先生有何關聯？伴隨著團先生出人意料所流下的眼淚，小Q的過去終於揭曉！

收到半年前自殺身亡的天才小提琴家，寶生美鶴所寄來的恐嚇信？為了解開此謎團，小Q他們前往「幻奏館」。但卻發生為了爭奪九頭龍匠所做的夢幻小提琴「TESTA．DI．DORAGO」，從地獄甦醒的「冥界的藝術大師」所彈奏的死亡旋律──「魔鬼的顫音」卻在被暴風雨所籠罩的山莊裡響起……！