中学生になった小葉は、偶然ジンに再会。幼い頃の記憶とは別人のような態度にとまどう。いっぽう、連続放火事件の現場で、ジンは小葉の兄コウガと出会いを果たす。燃えさかる炎の中でふたりは…！？　少しずつ覚醒するジンの力の正体とは！？　やがて、ジンは運命の大きな波に呑まれていく…。

遂にZETへの覚醒を始めたジン。しかし、その体に突如として異変が起きる！　同じ頃、ヒーローへの憧れと現実の狭間で揺れる高雅の前に、謎の男が現れた。「あなたの夢の手助けをしたい」…その代償として、突きつけられる残酷な選択！　男の目的は！？　かつてない恐怖が高雅を襲う…！！

ジンがZETに覚醒する方法――。それを知るという芝木博士は突然の変死を遂げた。そして今、ZET覚醒の鍵となる“赤い石”を巡り、ジンたちとエボルの熾烈な争奪戦が始まる！！　運命は一体どちらに味方するのか…！？

アルファススーツを身に纏いプレイヤーに立ち向かう高雅だが、敵はあまりにも強大だった…。絶体絶命の窮地に追い込まれてもなお、戦うことを諦めない高雅の姿を見て遂にジンが立ち上がる…！！　死闘の果てに二人が見たものは！？

「決めたぜ…オレはヒトになる」田中と一夜を過ごし、遂に心を決めたジンは光鎧の命令に従い天城邸へと向かう。予期せぬ再会に胸を躍らせる小葉だが…。一方、高雅は新たに開発された装置を身につけ、アルファスとして飛行訓練を開始する。ZETとアルファスの誕生に隠された秘密とは！？

小葉を人質にとられたジンは、プレイヤーを前に打開策を見出せずにいた。いっぽう、高雅もアルファスとして初出勤。最愛の妹の救助に向かうのだが…。瀕死の重傷を負った小葉の運命は！？　陰謀渦巻くゴーストタウンで壮絶なバトルが始まる…！！

惨劇の館から無事救出された高雅だが、事件には予期せぬ結末が待っていた。時は流れて―――。成長したジンはゴーストタウンにいた。何者かの監視下で暮らすジンの部屋に、突如、押しかけてきた謎の少女！　そこに異形の者が現れて…！？

新人類創造を試みる禁断の研究が悲劇の始まりだった…。16年間かけて増殖した悪意は、高雅を深い絶望の闇へと突き落とす。傷だらけの高雅は、ただ一人生き残った少女と共に惨劇の館からの脱出を目指すが――！？

手の甲に円状のコブを持つ不思議な少年ジン。続発する怪事件を背景に、謎の老人がジンのことを探し始めた…。ある日、ジンの前に突然、異形の殺人鬼が出現。それまでの平穏な日常は激変する。人知を超えた殺人鬼の力を前にジンは！？　壮大な物語が、今始まる…！！

アマギタワーで勃発した、灰谷による大規模テロ！！　それを防ぐため、駆けつけるジンたちだが、その行く手には数々の強敵が待ち受ける…！！　一方高雅は、不意をつかれて撃たれてしまい、拘束される。そこで彼が知ってしまったあまりに残酷な裏切りの真相とは…！！　緊迫するテロの中、二人の運命が変わりはじめる…！！