平凡的中学生鹿间圆（葵优希 配音）拥有一个幸福的家庭，生活中的她是个性格温柔贴心的好孩子。转校生晓焰（斋藤千和 配音）的出现打破了鹿间圆平静的生活。这个有着一头黑色长直发，性子冷淡柔弱的少女，似乎对鹿间圆有着不可说出口的感情。一场宿命般的邂逅发生了，鹿间圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物，没想到这只动物竟然会说人类的语言，它告诉鹿间圆自己的名字叫丘比（加藤秀美 配音），并提出了一个特殊的要求，希望鹿间圆能与它签订契约，成为一名魔法少女。
魔法少女是这个世界上一种特殊的存在，她们肩负着与魔女战斗的使命，作为奖励，丘比可以满足她们任何的愿望。在战斗中，小圆发现魔法少女这个职业并不像故事中描绘的那么美好，随时都有牺牲的可能。而随着战斗的不断升级，关于自己的残酷真相也逐渐浮出水面。