血滴子、傀儡人夜袭杭州红花会总舵，红花会四当家文泰来被擒、总舵被毁。学剑归来的陈家洛于杭州遭遇杀手设伏追杀，几番缠斗追逃后被百花阁歌姬玉如意所救。陈家洛得知自己被传言已成为红花会新任总舵主，掌握着前朝福王宝藏的秘密。陈家洛将计就计，利用宝藏秘闻拉拢善于易容的玉如意。他们从官府小吏钱经历那里打探出文泰来正被关押在杭州秘狱。秘狱之外，陈家洛、玉如意巧遇红花会赵半山、洛冰、李瀚文。五人协力搭救文泰来，却发现中了圈套——文泰来早已被换走，现在狱中的是朝廷高手“火手判官”张召重。五人各显神通，拼杀突围，前往李瀚文山庄躲避。洛冰等人怀疑玉如意是朝廷内奸，此刻，玉如意的真实身份即将浮出水面……

乾隆年间，红花会崛起，企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫，告以乾隆（郑少秋 饰）本乃汉人之身世，乾隆为安全计杀于灭口。于之义子陈家洛 …

乾隆年间，红花会崛起，企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫，告以乾隆（任达华）本乃汉人之身世，乾为安全计，杀于灭口。于之义子陈家洛（彭…

红花会总舵主于万亭夜闯禁宫，揭发乾隆为汉人后，由于环境迫害一病归天，遗位由陈世倌的第二个儿子陈家洛接任，陈家洛看到于万亭遗书后，遂知乾隆有可能…

乾隆年间，红花会崛起，企图推翻满清统治。红花会总舵主于万亭偷入禁宫，告以乾隆本乃汉人之身世，乾为安全计，杀于灭口。于之义子陈家洛乃乾胞弟，于死后接任为总舵主，继承反清复汉大业。陈得悉乾隆出游江南，乃与文泰来、骆冰、余鱼同等十四当家齐赴杭州，利用名妓玉如意之美色，引乾至六和塔，痛陈利害，逼乾与红花会合作，共谋反清。 另一方面，陈家洛在回疆认识霍青桐，二人暗生情愫。陈替乾取回身世证物之时，遇香香公主，两人一见钟情。家洛在青桐和香香公主之间感到困扰，而她们两人都对家洛一往情深。后因李沅芷女扮男装与桐态度亲密，陈误以为桐心有所属，遂倾向香香公主，并互订终生，令青桐黯然神伤。后得知香乃桐之妹，又得知误会了桐，困苦不已。但香香公主于乾隆攻打回疆时被俘，乾隆亦钟情于她，派张召重掳香入宫，逼为妃妾。家洛为使乾隆恢复汉人江山，忍痛割爱。时陈已取证物回，嘱乾遵守诺言。乾因受制于太后，复知香对陈痴心，乃背信弃盟，设宴雍和宫，欲将红花会一网打尽。

二十年代，荣城首富陈家少奶奶王丽贞所倚赖的娘家突然垮台，为保住地位，必须生下男婴。贫穷善良的翠芝刚刚生下男婴，就被赌徒丈夫卖掉，背后买主正是王丽贞。翠芝拼死保护儿子，失败。为寻找儿子她因缘巧合来到陈家，却发现了一个刚刚出生就被抛弃的女婴——正是王丽贞生下的女儿。她救下了女婴。王丽贞偷梁换柱成功，陈家大小姐陈树琴却发现了一些蛛丝马迹，一直对丽贞心怀怨恨的树琴决意找出真相。

香港国际影视展太阳娱乐文化巡礼上，《书剑》导演张之亮透露本片改编自《书剑恩仇录》，编剧阮世生笑说要把压缩精华并加入许多打斗，工作量很大。

神箭山庄自古以来就以神龙令领导江湖，与神秘组织大堡垒长期抗衡，但未见胜果。与此同时，各门派的高手陆续失踪，令局势更加扑朔迷离。庄主连城的独子连箭为了追寻御用金，假扮成大盗乔三在江湖上行走。大堡垒的堡主楚天威派出手下孤竹无名以保家之身份与箭接触。而箭为夺取御用金，特地向武器世家列家的女当家列枫订制弓箭。枫本是箭未过门的未婚妻，但箭对她心生意欲，却隐瞒了自己未婚夫的身份，积极追求她。然而，枫对箭的行为感到厌烦。 　　另一方面，来自浪族的女子月影沙丘为了拯救族人于灭族危机，带领族人前往中原寻找能改变族人命运的圣物。为解决资金问题，她决定与箭争夺御用金。在争夺中，月影与箭展开明争暗斗，水火不容。然而，在一次偶然的机会下，孤竹救了连箭，两人因此成为了好友。后来，大堡垒主威对箭十分赏识，命令孤竹招纳箭，否则杀无赦。为了试探箭，他命令箭入侵神箭山庄盗取神龙令，一旦失败即判处死刑。箭进退两难，身陷重重危机。为了生存，他不得不制造假象与神箭山庄结下深仇，并加入大堡垒以探查真相。