佐藤拿下入間基地， 並挾持首相作為人質。 然後他用直播方式送出的訊息， 竟是在２小時內讓這國家 所有主要機構通通廢掉的驚人之語。 此時只有永井圭 跟上了佐藤的思考邏輯。 圭嘗試搶在佐藤行動前先發制人。 下村、中野、田中與邱山 也聽從圭的指示潛入基地內。 不分亞人、人類的總動員大戰即將開始。

圍捕佐藤的計畫失敗了，佐藤搶走了自衛隊的直升機離開。正當眾人都覺得前功盡棄時，只剩下中野還相信著永井圭一定有辦法。眼見佐藤就要真正逃走，永井圭心中浮現的則是它與中野過去的實驗……他究竟能不能順利逮到佐藤？亞人的未來又將如何？

海斗遭到槍擊時發生的 氾濫現象。 永井放出了大量的IBM， 佐藤也與之共鳴。 頓時入間基地被無數的黑色幽靈填滿了。 當基地內黑煙盤旋，混亂加速惡化中， IBM研究的第一把交椅 Ogura Ikuya博士正趕往現場。 深入「亞人」的存在核心的瞬間 也正逐漸接近中。

為了徹底封印住佐藤， 永井圭千鈞一髮之際想出 乾坤一擲的策略── 然而守株待兔等待佐藤的陷阱 卻始終保持著沉默。 就在瀕臨前功盡棄時， 永井、佐藤…任何人 都沒有料想到的人物 趕到了爆炸中心！

拿下入間基地的佐藤， 宣告將用2個小時便讓 國內所有重要機構廢掉。 為了達成這個目標， 他駕駛戰鬥機，針對國內重要機構 展開連續波狀自爆攻擊。 中野、秋山、下村、田中 與協助佐藤控制基地的 新加入的未知亞人恐怖份子交戰。 在大混戰中，自衛隊對亞人特選群 也以永井圭的友軍身分參戰。 就在國內重要機構 接連遭到佐藤破壞的同時， 永井圭也終於想出一個 能完全封印佐藤的終極計劃。

總理大臣親自出席的自衛隊入間基地的「基地祭」──佐藤江這場合當成自己宣告的第３波目標，並大膽地隻身潛入。帶著無法預期的攪亂員，他在自衛隊基地內掀起烽煙。當戰火蔓延在基地內時，被佐藤當成棄子的田中、與田中有著緣分、無法放下他不管的下村泉、心中有個絕對想救的人的中野攻、以及永井圭……不顧自己的犧牲，勇敢應戰

17年前，美軍在非洲戰場上俘虜到傳說中不死的神兵，從此人類稱呼這種跟自己長得一模一樣卻又不會死亡的生物叫做「亞人」。亞人不會因為任何因素死亡，因此只能透過「死過一次」來分辨。普通的高中生永井圭在放學途中被卡車意外撞死，卻又馬上復活。於是成為「日本國內第３個亞人」的他，從此被投以高額懸賞。不想成為實驗動物的他，便與好朋友海斗，展開了浪跡天涯的旅行……

為了用恐怖攻擊來爭取亞人權利， 佐藤在日本展開毫不留情的破壞。 國內對亞人的恐懼感開始蔓延。 連圭潛伏的小村莊也不例外。 當充滿疑心的凶彈， 朝著圭射出的瞬間，命運便已決定。 圭決定跟新夥伴‧中野攻， 一同殺進再也無法回頭的孤獨之戰。