現代的腦外科醫生．南方仁在施行腦部裂傷的緊急開刀手術時，發現了頭蓋骨內封入一個畸形胎兒，因而將它摘除。手術之後，常聽到有個謎樣的聲音在耳邊竊竊私語的說：﹁把我放回去﹂…接著，仁與逃走的病患在推擠亂成一團的時候，竟然因時空扭曲而回到了幕末時代，沒有近代醫療器材的現代醫生．仁的醫術在幕末時代可以行得通嗎？

一位前途看好的年輕醫生－國分徹郎，毅然辭去大學醫院副教授的職位，前往龍蛇混雜的新宿歌舞伎町地區開業。在那裡，他憑著對生命的熱情及精湛的醫術，不僅得到居民的信賴，並且為他贏得「熊大夫」的封號！國分徹郎就以這間破破爛爛的診所，展開他懸壺濟世的俠醫生命！

改革者vs改革者 明真大第三名教授候選人現身。他的名字叫做國立笙一郎。一個擁有ＵＣＬＡ教授職務的日本人。在醫療大國美國闖蕩出一片天的他，為了改革祖國的醫療，他回到了故鄉。出現在加藤面前的堅強對手。他也是一名改革家。

朝田×荒瀨！奇蹟的組合！伊集院、荒瀨、朝田全力急救，患者的心跳還是停止了──伊集院宣告ＤＯＡ(＝到達醫院時死亡)。但朝田還是決定為患者開刀！在手術室裡，天才外科醫師與天才麻醉醫生‧荒瀨，實現了奇蹟式的絕妙搭配！

加藤的命運，大勢底定！暫離巴提斯塔手術的朝田回來了。面對眼前的難關，他宣佈實行新巴提斯塔手術。這個方法，是完全顛覆過去常識的技巧。另一方面，在教授會議中，加藤等人的教授選舉改革案通過了。巴提斯塔患者的性命、還有加藤的命運，最後會是……

由於加藤的失勢，巴提斯塔小隊瀕臨解散的危機。加藤知道自己理想中的醫療型態，已經在小隊裡萌芽，她決定犧牲個人前途換取小隊的存續…但是在這個時候，野口推薦的教授候選人現身了。那個人竟然就是─！！情況急轉直下！！

罹患心臟病的野口。加藤必須在沒有朝田協助的狀況下提出治療計畫。另一方面，朝田在脫離隊伍之後，更加提升了自己的技術，邁向神的領域。同時他對周遭的攻擊性也恢復了，他的利牙不只朝向敵人，也開始咬噬以前的同伴…！

日本的醫療水準是三流的！在以教授為頂點的封建體制裡面，滋生出層出不窮的瀆職行為與醫療失誤，病患成了最大的犧牲者！過去活躍於NGO、指揮世界級醫療團隊的唯一日本人‧朝田龍太郎，將把這種腐敗的亂象一刀斬斷！