《使徒行者2》的故事延续了该系列“找卧底”的主题，以全新的故事呈现：一份暗网解锁的黑警信息，令警界陷入前所未有的恐慌。为保护证据，警界内部敌友难…

童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。

童年兄弟意外失散，30年后因一桩罪案相见，两人已身处不同阵营。随着对罪案调查的深入，一个多年来隐于幕后的恐怖组织渐渐浮出水面。

电视剧《使徒行者2》依然以卧底为主，承接第一部故事。与第一部相比，续集将到海外取景拍摄，讲述海外卧底的故事，并加入更多谜团。

丁小嘉 （ 佘诗曼 饰）成长于声色犬马的砵兰街，被三个妓女抚养长大，养成一身江湖习气。小嘉投考警察后，被刑事情报科的康道行委派做专责收集情报的卧底，并在砵兰街经营沐足店作为掩饰。道行因查出警队内部的害群之马而被杀人灭口，而出事之前他为了保护查出关键的卧底，将包括小嘉在内的五个卧底资料全部删除。正当小嘉惶惶不可终日之时，刑事情报科总督察卓凯 （ 苗侨伟 饰）以新接头人的身份联络小嘉，希望她协助寻回其他四名下落不明的卧底。“双花红棍”薛家强爆Seed （ 林峯 饰）是一个不折不扣的赌徒，混迹于“挞沙”游达富 （ 彭怀安 饰）的外围集团做“大艇”，并与好兄弟张木荣 （ 梁烈唯 饰）从事制冰厂的工作，掩饰自己的外围生意。小嘉混入家强的外围集团，成为旗下“艇仔”。小嘉虽然小心行事，但在追寻其他卧底的过程中，浑然不知自己的身份已被家强慢慢识破。曾经叱吒江湖的黑帮大佬覃欢喜 （ 许绍雄 饰）出狱，身边还伴随着一位在狱中招揽的财技高手连浩勤 （ 沈震轩 饰）。浩勤入狱前在金融机构工作，后来因为亏空公款而入狱，浩勤的女朋友莫羡昕认为浩勤为钱不择手段，毅然提出分手。浩勤出狱后重遇羡昕，却发现前女友已是 O记总督察叶兆良 （ 邓健泓 饰）的未婚妻。失意的浩勤运用机智与财技，在极短时间内为欢喜在金融市场大捞一笔，迅速成为欢喜的得力助手。当时正值社团选举年，身家暴涨的欢喜为报“挞沙”陷害之仇，誓言要在坐馆选举中夺回失去的一切。欢喜的出现改变了黑帮势力架构，家强认为与欢喜合作才能继续发围，向欢喜献计并连同欢喜令挞沙整个势力一夜瓦解，家强因此获欢喜赏识，与小嘉一同加盟其势力集团。自此，家强、浩勤成为欢喜的左右手。卓凯多年来在警队仕途一帆风顺，担任ICAC调查员的羡昕觉得可疑，更怀疑卓凯与警方高层受贿一事有关，对卓凯展开调查，令谨慎的卓凯变得警惕。卓凯利用CIB伎俩作反监听，无意中发现羡昕的姊姊莫羡晴 （ 江美仪 饰）遭遇家暴，卓凯不禁出手相助，没想到自己却意外地进入了羡晴的感情世界。另一方面，卓凯通过调查发现，黑白两道背后都存在比所知势力更大的黑影，金钱与政治的黑暗紧密相连。卓凯一方面要应付ICAC的严密监视，又要与警队内的害群之马角力，重重挑战接踵而来。同一时间，小嘉收到卓凯情报，得知欢喜之上还有一个幕后金主，操纵整个黑帮势力的发展。为了能够正面接触金主，卓凯要求小嘉变节，借用家强、浩勤等人的力量，铲除关系与自己情同父女的欢喜 。

该片讲述了卧底阿钉收到了一条神秘短信，追溯到神秘人郭铭的犯罪集团，其手下两名重臣少爷和阿蓝很可能是之前警队失联的卧底。而在捣灭犯罪集团的过程中，其中一人暴露身份也使这对情同手足的好兄弟陷入信任和生命危机。而卧底联络人Q Sir和卧底阿钉也面多重危难。在迷雾中，一场激战蓄势待发。

该片讲述了卧底阿钉收到了一条神秘短信，追溯到神秘人郭铭的犯罪集团，其手下两名重臣少爷和阿蓝很可能是之前警队失联的卧底。而在捣灭犯罪集团的过程中，其中一人暴露身份也使这对情同手足的好兄弟陷入信任和生命危机。而卧底联络人Q Sir和卧底阿钉也面多重危难。在迷雾中，一场激战蓄势待发。

出身香港社会最底层的丁小嘉（佘诗曼 饰）考上警察后，以卧底身份重回鱼龙混杂的砵兰街，为CID督查康道行（欧瑞伟 饰）搜集情报。在追查三合会头目游达富犯罪事实时，道行意外遇害。临终前，他为保护卧底人员身份，删除了包括小嘉在内五名卧底的纪录。此后，道行的同袍刑事情报科总督察卓凯（苗侨伟 饰）找到小嘉，希望她协助寻找其他四名卧底，掌握外围赌博集团的犯罪证据。之后，小嘉与赌博集团得力干将薛家强（林峯 饰）有了交集，陷入警方、犯罪团伙与黑帮组织的连番对决和火并中，一段精彩的卧底传奇就此上演……

薛家强完成三年卧底任务后，回港开设沐足店，继续收集情报。刑事情报科总督察章纪孜怀疑卓凯出狱后投入黑道，对他进行全面监视。家强与卓凯卷入器官贩卖案，联同女卧底窦亚希及保安局调查官韦作荣，合力捣破涉案集团。保安局及后新设安全情报机构，并邀得徐天堂加入，接管刑事情报科的工作。覃欢喜逃过一死后，暗中调查某社团的秘密。神秘社团原来由长兴已故龙头魏德信的弟弟魏德礼创立，他还设下布局，对家强、卓凯等展开报复。

2010年，卓凯神秘前往泰国曼谷，与潜伏在当地的香港CIB卧底进行打击泰国毒枭的行动。就在众人完成任务即将撤离泰国之时，一场爆炸令卓凯手下卧底全部葬身火海。与此同时，卓凯好友兼CIB督察黎瑞权原因不明地被杀害，留下一个还未正式成为卧底的女警郑淑梅由卓凯接手指导。卓凯知道瑞权手下还有其他身份被删除的卧底，要还原瑞权之死的真相，必须将卧底全部找出来，卓凯与淑梅开始寻找卧底的工作。另一方面，“长兴”坐馆魏德信打算重建帮会，对字头里的叔父辈赶尽杀绝，覃欢喜虽逃过一劫，爱妻却死在他怀抱中。事后欢喜潜入警署，删除自己的卧底档案，彻彻底底地沦为黑道中人并成立新字头“福和”，誓要与德信拼个你死我活。 卓凯和淑梅陆续确认了乐少锋和徐天堂的卧底身份。为了尽快寻回其他卧底，卓凯更亲自潜入长兴，遇到专门替德信处理黑钱生意的施嘉莉，从而更深入发现犯罪世界的另一面。欢喜与德信的斗争，将卓凯和众卧底卷入其中，为对付德信以及他操控的黑警势力，卓凯及众卧底不得不与欢喜联手。卓凯及淑梅同时发现，这一切可能是少锋所为，少锋身份就被德信发现，落得惨死收场。 长兴与福和斗争白热化，双方牵涉入一宗国际犯罪集团的洗黑钱活动当中，德信使计令欢喜一败涂地，但同时他所有黑钱一夜之间不翼而飞。各地犯罪集团首脑纷纷来港向德信问责。卓凯布下天罗地网，准备把各地犯罪首脑一网打尽。德信拼死反扑，卓凯、淑梅、欢喜、天堂等都被列入“必杀”名单。