破解隱藏在「紫雲龍」與「日記」當中訊息所浮現出天才藝術家‧九頭龍匠本身的謎究竟是……？而特別班所面對的全新事件，是被水泥磚所封死的完全密室殺人！為了保護村子免於被水壩所淹沒，傳說中的守護神「魔矢姬」用〝人柱的詛咒之火〞將入侵者燃燒殆盡……！

賽柏拉斯的多重密碼解讀成功！解讀的結果是「冥王星」的三名間諜……本鄉、片桐、真木，特別班於是展開調查！他們的真面目究竟是誰？另一方面，失去孩提記憶的小流在此時得到線索！也就是小惠曾經待過的國立能力開發研究所！意外的線索帶來意外的展開！尋找真相吧！小Q！

小Ｑ、小流、小惠、金太以及數馬終於當是Ｑ　ＣＬＡＳＳ的一員，而他們接下的第一份工作是神隱村發生的──「憑空消失」事件；在經過團先生稍微的試驗下，一行人於是前往案發的現場希望能尋出事實的真象。在到神隱村前，他們必須先經過葫蘆村，沒想到殺人案件竟開始展開。小Ｑ跟小流他們能順利解開層層謎團抓出兇手？憑空消失又是──！？

小Q跟小惠在舊校舍找到了團偵探事務所的保險箱。在其中所擺放的老舊名片上所印刷的，竟然是解救身陷綁架事件的小Q…送給他「偵探心得手冊」的那位「偵探大叔」的名字！他與團先生有何關聯？伴隨著團先生出人意料所流下的眼淚，小Q的過去終於揭曉！

收到半年前自殺身亡的天才小提琴家，寶生美鶴所寄來的恐嚇信？為了解開此謎團，小Q他們前往「幻奏館」。但卻發生為了爭奪九頭龍匠所做的夢幻小提琴「TESTA．DI．DORAGO」，從地獄甦醒的「冥界的藝術大師」所彈奏的死亡旋律──「魔鬼的顫音」卻在被暴風雨所籠罩的山莊裡響起……！

國立能力開發研究所再次發生完全密室殺人事件！這是使用念動力的超能力者犯下的罪行嗎？在背後暗自嘲笑小Q們的人，就是整個事件的幕後黑手「冥王星」的塔那斯特！當他們跨越重重陷阱，解開一切的謎題時，小流和小惠被封印的記憶之門也會隨之打開嗎？

賽柏拉斯被催眠術所封住，在超嚴密的戒護下，監禁在特別拘留所！在這個不可能逃獄且又進退兩難的情況下，賽柏拉斯依然進行他大膽的突破作戰！等著他的是偵探學園所佈下的特別拘留所這個陷阱以及七海光太郎！超乎想像的頭腦戰＆心理戰，究竟誰會勝出呢……？

小Q一行人在巧妙的手法驅使下，發現「幻奏館」連續殺人的真相！揪出真正兇手「冥界的藝術大師」！但是，犯罪組織「冥王星」的陷阱也在同時啟動！為了渡過束手無策的危機而奮鬥的特別班成員，產生了新的同袍之情！而天草流浮出檯面的「無可避免的命運」又是……？

找回記憶的碎片，小流獨自前往『棲龍館飯店』。但是與天草家淵源深厚的人，都被圍繞在跟「龍」有關的故事之下而遭到殺害。而在現場的小流也被當成嫌犯！對於小流與命運孤獨的奮戰當中，小Ｑ他們難道都無計可施嗎？特別班，現在是你們展現友情跟信念的時刻！

為了解開DDS所承接的密室殺人事件的委託，小Q獨自深入電影節的活動。在那裡，他遇到A CLASS的雪平，於是雙方打算藉此將之前的推理競賽分個勝負！可是，在進行搜查的過程中，有個若隱若現的邪惡「身影」。在幕後操縱這起殺人事件的犯罪組織「冥王星」，也打算在此設計陷害DDS…！