故事以凹凸学园的初中部与高中部为舞台，描写围绕着刚升入高一的新生——金与他身边的同学之间，轻松有趣的搞笑向日常生活。凹凸学园里有着形形色色性格各异、古怪却也不失可爱的学生，而本作采用平行式的单元小故事讲述，用萌系Q版人物、声优的诙谐演出及别具一格的画面效果，将最轻松真实的学园生活展现给观众。

《凹凸学园第二季》是动画《凹凸世界》的番外衍生剧第二季，故事主要讲述了凹凸大赛的参赛者们作为中学生上学期间的日常故事。在这一季中大家举办了学园祭、经历了转学风波、同时也有教员们和家长们的苦恼。

在午夜神秘的钢琴声中凹凸学园的新学期开学了。教师团队对校园中发生的神秘事件含糊其辞，而一个个谜题却总出现在同学们的身边。洒满阳光的美术教室弥漫着浓雾、破旧的老教学楼散发着诱人的香气……幕后主使竟拥有关闭校园的权利！同学们，凹凸学园解谜大事件欢迎加入！

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天眼杨家之女杨雁大婚现场，新郎被道盟抢走杀害，理由是他“勾结妖怪”，杨雁悲愤之下离家出走，生下遗腹子木蔑并将他抚养长大后郁郁而终。木蔑天资聪颖，又与堂兄杨一叹相认，并从堂兄及面具团身上习得一身不凡本领，但杨一叹去圈外之后未能归来，木蔑为了寻找他的下落，在母亲去世后便外出游历。在迷路的时候向翠玉鸣鸾问路而结下缘份。之后，他发现有人能控制妖怪，他怀疑这其中可能会有寻找堂兄的线索。当他来到一处叫白玉村的地方借宿时，却被村民设下毒计陷害，幸好有年少的东方月初和涂山雅雅帮忙才能脱险，之后，大家便一起开始探寻白玉村的真相。

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