主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!

就在凯特（Kate）忙于筹备45周年的结婚纪念日之时，她丈夫杰夫（Geoff）突然接到了一条把他的思绪带回过去的消息，他50年前在瑞士阿尔卑斯山因意外丧生的女友的遗体被找到了。 凯特和杰夫的内心都受到了极大的震撼却无法交流彼此深藏的不安。杰夫把自己封闭在回忆的世界里，而凯特则竭力压抑自己的嫉妒和焦虑，她还需要专心为聚会做准备，安排音乐、菜单以及其他诸如此类的东西。 表面看来，一切如常，但摄影机却敏锐地捕捉了原本和谐的共存逐渐走向失衡的过程。不论是和杰夫共进早餐还是在镇子里独自漫步，凯特都感觉自己越像是一个陌生人。《45周年》中的夫妇二人被意想不到的情绪攫住，被迫面对自己不熟悉的感觉，在这个过程中，他们曾经的好时光仿佛一去不返。在共同生活了45年之后，在他们的结婚纪念日上究竟哪种情绪会占上风呢？

就在凯特（Kate）忙于筹备45周年的结婚纪念日之时，她丈夫杰夫（Geoff）突然接到了一条把他的思绪带回过去的消息，他50年前在瑞士阿尔卑斯山因意外丧生的女友的遗体被找到了。 　　凯特和杰夫的内心都受到了极大的震撼却无法交流彼此深藏的不安。杰夫把自己封闭在回忆的世界里，而凯特则竭力压抑自己的嫉妒和焦虑，她还需要专心为聚会做准备，安排音乐、菜单以及其他诸如此类的东西。 　　表面看来，一切如常，但摄影机却敏锐地捕捉了原本和谐的共存逐渐走向失衡的过程。不论是和杰夫共进早餐还是在镇子里独自漫步，凯特都感觉自己越像是一个陌生人。《45周年》中的夫妇二人被意想不到的情绪攫住，被迫面对自己不熟悉的感觉，在这个过程中，他们曾经的好时光仿佛一去不返。在共同生活了45年之后，在他们的结婚纪念日上究竟哪种情绪会占上风呢？