主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

『警察学校編 Wild Police Story』は、安室透＝降谷零と4人の仲間たちの青春時代を描く、『名探偵コナン』のスピンオフストーリー。本編では、降谷を除く松田陣平、伊達航、萩原研二、諸伏景光の4人は既にこの世を去っており、謎が多い存在だ。警察官として不世出の才能を持っていた5人だったが、警察学校の同期としてどんな学校生活を送っていたのか。

冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手，接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女，在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这…

夏洛克、妮洛、艾露克露、柯蒂妮娅四人使用Toys和超群的团队合作解决无数事件的「Holmes侦探学院」的大人气人物。她们组成的「Milky Holmes」不仅是学园的学生还是真个欧洲市民们的憧憬对象。但是，在一个暴风雨的晚上和宿敌「怪盗帝国」的战斗途中4人突然失去了Toys从而命运开始发生了巨大转变…

夏洛克、妮洛、艾露克露、柯蒂妮娅四人使用Toys和超群的团队合作解决无数事件的「Holmes侦探学院」的大人气人物。她们组成的「Milky Holmes」不仅是学园的学生还是真个欧洲市民们的憧憬对象。但是，在一个暴风雨的晚上和宿敌「怪盗帝国」的战斗途中4人突然失去了Toys从而命运开始发生了巨大转变…

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。