主人公周文本是归德高中公认的天才少年，偶然间得到一部神秘手机，可以将现实世界变成游戏副本，从此开启无限流刷本打怪升级之路，却也因此变成旁人眼中沉迷手机游戏的堕落少年。不料意外接踵而来，先是在和一名叫安静的神秘转校生的对决中落败，后又莫名被血洗联邦的恶魔井道仙缠上，强制周文收下元气技迷仙经。历经坎坷后，还没来得及喘口气，神秘的次元生物又开始打破次元壁规则，涌向地球，给人类带来巨大威胁。为了提升实力守护家园，周文日复一日的在游戏中挑战极限，刷本升级，以获取击败敌人的经验和资源。别人拿命去冒险，他却拼命打游戏，凭借游戏经验，在现实中一路过关斩将，保护着珍视的家人和朋友们。

主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

随着次元风暴降临，地球涌现出大量异次元领域，仙、佛、恶魔、天使、精灵等各种异次元生物降临地球。天才少年周文，凭借意外得来的一部可以将现实世界转化为游戏副本的神秘手机，从此开启了一滴血一条命，无限流刷副本升级的冒险之旅。然而看似平静的家园背后却蕴藏着巨大的危机，前方还有怎样未知的冒险在等着他？

随着次元风暴降临，地球涌现出大量异次元领域，仙、佛、恶魔、天使、精灵等各种异次元生物降临地球。天才少年周文，凭借意外得来的一部可以将现实世界转化为游戏副本的神秘手机，从此开启了一滴血一条命，无限流刷副本升级的冒险之旅。然而看似平静的家园背后却蕴藏着巨大的危机，前方还有怎样未知的冒险在等着他？

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!

在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店附近发生了…