主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

世間を騒がせる怪盗ながら、暗号を織り交ぜた予告状とキザなセリフ、 　　華麗な手口（ショー）で数々の名宝を盗み出し人気を博す“怪盗キッド”。 　　そんな神出鬼没の大怪盗が誕生したのは……。 　　江古田高校2年生、黒羽快斗。ある日、自宅にある隠し部屋を見つけ、 　　世界的マジシャンだった父・黒羽盗一が 　　実は世間をにぎわせていた〈怪盗キッド〉で、謎の組織に殺害されたことを知る。 　　真相を探るため、快斗は盗一が遺した衣装を身に纏い 　　2代目〈怪盗キッド〉となり、盗一が追っていた“伝説のビッグジュエル”と、 　　“謎の組織”の正体に迫っていく…。 　　巧妙な手口で数々の獲物を盗み出すキッドが新たに狙ったのは、伝説のアクアマリン“大海の奇跡（ブルー・ワンダー）”。 　　キッド獲得に執念を燃やす園子の親戚・鈴木財閥相談役鈴木次郎吉は、ビッグジュエルを使いキッドに挑戦状を送りつけたのだ！ 　　次郎吉の挑戦に乗ったキッドは次郎吉・警察の警備をものともせず、いつものように鮮やかに盗み出すはずだったが、 　　トリックを解き明かそうとコナンの名推理がはじまった！ 　　「コナンvs.怪盗キッド」「集められた名探偵！ 工藤新一vs.怪盗キッド」など、 　　月下の奇術師・怪盗キッド誕生と、最大にして永遠のライバル・コナン／新一との初対決を 　　新規映像とともに贈るTVシリーズ特別編集版！！

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”。在当地的富豪将其回收，于舞台上展现其真容时，在滨海湾金沙酒店附近发生了…

《名侦探柯南：红之校外旅行 鲜红篇&恋红篇》为柯南系列特别篇，为《名侦探柯南》第290个案件。故事讲述柯南在暂时恢复为工藤新一时，恰巧为帝丹高中校外旅行时期，一行人前往京都参访，在清水寺认识了女演员鞍知景子，新一被请托解读暗号，却在过程中遇上杀人事件，犯罪现场更留下疑似天狗袭击的痕迹。在一连串的骚动中，新一能否解开暗号，让真相拨云见日？

《名侦探柯南：红之校外旅行 鲜红篇&恋红篇》是柯南系列特别篇，也是《名侦探柯南》第290个案件。故事里，柯南暂时恢复成工藤新一，恰逢帝丹高中校外旅行，众人前往京都参访。在清水寺，他们结识了女演员鞍知景子，新一受其委托解读暗号，却在这过程中遭遇了杀人事件，犯罪现场还留下了疑似天狗袭击的痕迹。面对这一连串的状况，新一能否解开暗号，让真相大白呢？

“名侦探柯南系列”第23部动画剧场版，票房和口碑也屡破纪录。作为平成年代最后一部柯南电影，首次将案件发生地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。