主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

热恋的沈颜去见傅热家长，被傅清舟羞辱后出车祸，醒来已是5年后，成了傅清舟太太还有儿子。探寻真相时，与傅风等人纠葛不断，二人在相处中相爱。可沈颜又回到五年前，最终与傅清舟相认。

热恋的沈颜去见傅热家长，被傅清舟羞辱后出车祸，醒来已是5年后，成了傅清舟太太还有儿子。探寻真相时，与傅风等人纠葛不断，二人在相处中相爱。可沈颜又回到五年前，最终与傅清舟相认。

某天，柯南因感冒在家休养，这时他接到了灰原哀的电话。原来灰原研制出了APTX - 4869的最新解药，尽管只是试制品，但一心想恢复工藤新一身份的柯南还是迫不及待地前往阿笠博士的实验室。服用解药后，新一终于变回了原来的样子，然而周围的一切似乎都发生了变化：博士院子里的树长高了，出现了许多新建筑，体育老师变得老态龙钟，班里的同学全是陌生面孔，就连元太、光彦和步美也都长成了高中生的模样。 他找到了同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里频繁服用解药，产生了抗药性，最近5年已经无法变回原来的状态了。失落的柯南无奈地看着周围的改变，更让他深受打击的是，小兰决定放弃音信全无的新一，嫁给新出老师。他们的恋情亦真亦幻，究竟何去何从……

柯南发了高烧，请假在家养病，刚好 灰原哀打电话告诉柯南发明了新的 APTX4869的解药，柯南服下后，便晕过去，梦见了十年后自己的生活：兰和园子早已是成年人，自己则和昔日的少年侦探团的成员步入高中，还创办了侦探俱乐部。而柯南却不记得这十年间发生了什么事，问灰原哀，她告诉柯南由于柯南不断服用APTX4869的解药，导致体内产生抗体，所以就再也没有变回过 工藤新一。当得知 新出医生向兰求婚后，柯南有些许不快，他便去找兰，在晚上时，柯南找到了兰，而兰坚强地说：“反正已经等了10年了，再等10年也无所谓……”虽然得知兰不会答应新出的求婚，但柯南还是要说出自己的真实身份。诧异的是，兰已经不再相信柯南就是工藤新一了……就在这时，柯南从梦中醒来，一切又回到了现实……十年后的对话——十年后的 毛利兰和十年后的 江户川柯南。十年后的 服部平次和 远山和叶，十年后的园子，十年后的 毛利小五郎，十年后的少年侦探团……一切似乎都不同了。 工藤宅内的树窜了很高。 帝丹高中的 空手道社关着门，而 侦探社却建了起来，元太一样爱吃 鳗鱼饭， 步美仍然对柯南情有独钟。 服部平次成了大侦探，和叶一刻不停的吃醋，二人却对记者问道何时结婚时脸红不已。 毛利侦探事务所破旧了不少， 冲野洋子结婚隐退，毛利大叔还在借酒抒发心中的郁闷。兰开始考虑 新出医生的求婚，新一十年没有回来过，她的等待没有尽头。十年后的 小兰，解决了M5《通往天国的倒计时》中的疑问。十年后的柯南和 灰原哀。如果真的十年过去， 黑衣组织还会追杀灰原哀吗？OVA9的最后，柯南的眼镜、 蝴蝶结、手表摆在一起。这似乎是对结局的一种预想。彼时的柯南不再需要伪装，摘下这些，柯南就会变回新一，而成为柯南会是一段永远值得珍藏的记忆，哪怕是伤痛的，因为能在一起就是最大的幸福。柯南：到底怎么回事？我现在应该是工藤新一，为什么还是柯南？而且为什么你我都不是小学一年级而是高二？哀：听不懂你在说什么。不过你想知道这十年来发生了什么的话，我可以告诉你。在没能和组织做个了结的情况下， 时间流逝，我们升入初中，又步入了高中哀：这段时间里，你使用我制作的APTX4869的 解毒剂，好几次变回了原来的样子，但不知不觉间产生了 抗药性，这五年来完全没变回过原样

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!