主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人同时努力调查敌人的真面目时，危机不时展露眼前，时间一分一秒地逼近，敌人同时无赖地设下最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。导演山本泰一郎表示，他参与《柯南》多年后，才发觉自己喜欢检查画功的工作多过编写剧本。他很怕写剧本，耐性不够，久而久之会发白日梦，反而经常自发性的对绘画员交来的原画草稿中指指点点。《侦探们的镇魂歌》合共大约有1,700小节，数目和前作大致相同。柏原宽司跟老前辈青山老师和导演山本泰一郎合作无间。主题是由青山刚昌定出来之后，编剧再以这个主题作故事基础，构思情节，辗转地和导演商量多次后才写剧本。完成大纲和分场后，再给青山刚昌看，由他提供意见。这种合作形式相当凑效。编剧表示，用横滨市的貌景作为故事舞台，纯粹是他的个人喜好，他不论写甚么故事最后都会以横滨作背景。他是深受《危险的刑事》、《大追迹》和《BAYCITY刑事》等经典作品，甚至是石原裕次郎电影风格的影响，觉得在旧片里出现的横滨相当有型。《侦探们的镇魂歌》在东京上映，斥资数十万元举行大型庆祝会时，当地电影公司特邀人气偶像 上户彩，担任此个剧场版10周年纪念作品的赞助人。上户彩表示，从小已是《柯南》的super fans，在她还未成为演员之前，每年总会和家人一起观看《柯南》动画；因此，这次剧场版被邀当赞助人的上户彩，知道消息后兴奋不已，更决定于百忙中，抽空莅临试映会现场，并即场大力推荐。青山刚昌与柯南献上花束以示欢迎，更与柯南一同接受记者们的拍照，并一同做出‘真相永远只有一个’的招牌手势。

毛利小五郎收到一张请帖，是谜样男子的委托，需前往横滨的一个游乐场。小五郎、柯南一行人开心地抵达欢乐的游乐场，还拿到了能出入无阻的 VIP 手表，却没想到落入了神秘男子的圈套。所有戴手表的人不能离开游乐场，否则就会爆炸。从现在到晚上十点，柯南和小五郎若解不开谜题，小兰和少年侦探团会随游乐园一同灰飞烟灭。其他侦探和柯南一起挑战谜题，大家全力调查敌人真面目时，危机不断出现，时间一分一秒流逝，敌人还无赖地设下最后一道陷阱。更意外的是，那名男子竟直接称呼柯南为工藤新一。 导演山本泰一郎称，参与《柯南》多年后，发现自己更喜欢检查画功而非编写剧本。他怕写剧本，耐性不足，写着会发白日梦，却常自发地对绘画员交来的原画草稿指指点点。《侦探们的镇魂歌》约有 1700 小节，数量和前作相近。柏原宽司与老前辈青山老师、导演山本泰一郎合作默契。主题由青山刚昌确定，编剧以此为基础构思情节，和导演多次商量后写剧本。完成大纲和分场后给青山刚昌看，由他提意见，这种合作形式很有效。编剧表示，选横滨市的景象作故事舞台是个人喜好，他写什么故事最后都以横滨为背景，受《危险的刑事》《大追迹》《BAYCITY 刑事》等经典作品乃至石原裕次郎电影风格影响，觉得旧片里的横滨很有型。 《侦探们的镇魂歌》在东京上映，举办斥资数十万元的大型庆祝会时，当地电影公司邀请人气偶像上户彩担任这部剧场版 10 周年纪念作品的赞助人。上户彩表示从小就是《柯南》的超级粉丝，没当演员前每年都会和家人一起看《柯南》动画。得知被邀当赞助人后兴奋不已，百忙中抽空参加试映会，还当场大力推荐。青山刚昌和柯南献上花束欢迎，和柯南一起接受记者拍照，还一起做出“真相永远只有一个”的招牌手势。

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!