主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑暗组织的地下交易后，正准备追踪时却被突袭击昏，并被灌下代号为“APTX4869”的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。之后他化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在女友毛利兰的父亲—侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的工作，并私下探寻获得解药的管道，希望能够恢复原来新一的样貌。与此同时，柯南凭着自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，帮助毛利小五郎成为出名的大侦探。故事内容当中穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。

讲述吃了自己开发的毒药，婴儿化的灰原哀与组织的关系，以及被该组织杀害的妹妹阿基米的记忆。这一次豪华列车上将发生什么样的谋杀事件？

“针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中。次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不会就此罢手，而制造更大的灾难。柯南调查了这位朝仓知事的经历后，推测在其出任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查……

“针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中。次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不会就此罢手，而制造更大的灾难。柯南调查了这位朝仓知事的经历后，推测在其出任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查。五年前为了建造水坝，新潟县的北之泽村被沉入了湖底，村民们在附近重建了家园继续生活。在重建五周年的纪念活动上，人们又纷纷聚集到了一起。犯人果真会在他们之中吗？柯南在调查过程中，偶遇了五名男女，他们是时隔八年才重新聚首的儿时玩伴……八年前交通死亡事故的阴影，对建设水坝的不满，至今仍让嫉妒与怨恨在他们的心中纠结不清。紧接着，在那场交通事故同日，在去看天鹅的途中不慎坠入悬崖的“少年”冬马在昏迷了八年之后终于睁开了眼睛！随着冬马关于事故当日的记忆逐渐恢复，危险也步步逼来。果然在儿时玩伴的五人中，一人已命丧黄泉！黑影也在逐渐逼近 少年侦探团！冬马当年究竟看到了什么？留在他记忆里的真相究竟是怎样的？地铁爆炸犯的下一个目标又将是什么？大规模的灾难向这个水坝边的小镇袭来！

“针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！”一封谜一般的恐吓信突然寄到了朝仓都知事手中。次日在知事亲临剪彩现场的新地铁隧道中发生了爆炸！千钧一发之际，多亏了得知恐吓信之事的柯南，才避免了人员伤亡，但未能取知事性命的犯人恐怕不会就此罢手，而制造更大的灾难。柯南调查了这位朝仓知事的经历后，推测在其出任国土交通大臣期间建造水坝的相关者中有人仍怀恨在心，便从这方面入手开始搜查。五年前为了建造水坝，新潟县的北之泽村被沉入了湖底，村民们在附近重建了家园继续生活。在重建五周年的纪念活动上，人们又纷纷聚集到了一起。犯人果真会在他们之中吗？柯南在调查过程中，偶遇了五名男女，他们是时隔八年才重新聚首的儿时玩伴……八年前交通死亡事故的阴影，对建设水坝的不满，至今仍让嫉妒与怨恨在他们的心中纠结不清。紧接着，在那场交通事故同日，在去看天鹅的途中不慎坠入悬崖的“少年”冬马在昏迷了八年之后终于睁开了眼睛！随着冬马关于事故当日的记忆逐渐恢复，危险也步步逼来。果然在儿时玩伴的五人中，一人已命丧黄泉！黑影也在逐渐逼近 少年侦探团！冬马当年究竟看到了什么？留在他记忆里的真相究竟是怎样的？地铁爆炸犯的下一个目标又将是什么？大规模的灾难向这个水坝边的小镇袭来！

太平洋上的美丽小岛——神海岛。传说，在很久以前那里的海底就存在着古代遗迹“海底宫殿”，并且300年前真实存在过的两名女海盗“安娜·波尼”和“玛丽·里德”曾在那里遗留了大量的宝藏。 今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神 海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。

仓朝都知事（市长）收到了一封来历不明的威胁信，次日全新开通的地铁便发生了爆炸事件。在柯南和毛利小五郎的帮助下，仓朝逃过了生命危险，这一连串事件…

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!

“紧急接近！有一艘装载爆炸物可能性很高的船只……”在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现的一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。同日，参加宙斯盾舰的体验航海的柯南、小兰、毛利小五郎以及少年侦探团一行人参观了海上自卫队员充满能量的的对空战斗训练。可是突然，受到了神秘敌人的袭击，训练变成了疯狂的现实！

朝霞映照的海面上，漂浮着一艘装满炸弾的谜一般的船只。该船就是一切的开始——又是炸弹，地点是京都・舞鹤港冲。 海上自卫队举办了难得的宙斯盾驱逐舰体验航海。电子武装的高科技舰船展开的惊心动魄的航海。 柯南和兰、小五郎、探侦団正在享受时，然而，突然之间，响起巨大的声响，舰内回荡起骚动的气氛。不久，发现了失去左臂的遗体!而且是自卫队员的遗体! 遗体旁边留下了几个可疑之处… 参与捜査的柯南、知道舰内潜入了某国的间谍"X"。究竟间谍"X"是何人?和迷船又是什么关系?不久，间谍的身影开始接近柯南他们…。这次航海隐藏着巨大的阴谋，远远超出了想像、将影响整个日本!