电影叙述，未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。同时地球也因为污染过度，造成许多怪兽横行肆虐。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，就是让变种人组成的地球防卫军，出马对抗怪兽。然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是「X星人」。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一洗脑。唯一不被他们洗脑的就只有「哥斯拉」，变成怪物大战外星人。

在虚拟世界的武道馆里，和暖的阳光轻柔地洒在榻榻米上。房屋的两端，各站立一名黑人男性和黄皮肤的女性，他们是奥西里斯号的领导者：桑德斯（凯文·迈克尔·理查德森 Kevin Michael Richardson 配音）和茱利娅（帕尔玛·艾德隆 Pamela Adlon 配音）。此 时他们正在进行一场盲剑对决，不同的是你来我往、刀光剑影之间没有深仇大恨、血腥杀气，反倒是相互试探、你侬我侬。正当他们的身心贴近之际，桑德斯和茱利娅被迫觉醒，回到黑暗危险的真实世界。奥西里斯的行踪被章鱼群探明，它们成群尾随着这艘绝命而逃的飞船，如同嗅到血腥气息的恶狼死追不放。 生死存亡关头，桑德斯和茱利娅必须在真实和虚幻的世界面临生离死别……

一开始是一场和《虚拟程序》中类似的训练程序，黑男亚女分别用武士刀和中式剑来调情，真是情浓我侬，干柴烈火；眼看就要星火燎原，不识趣的机械章鱼就前来捣乱。指挥艇Osiris号飞船虽竭力逃避，但仍被逼到废弃的城市上空，在那里他们见到了简直不敢相信的情景，并且遭遇最致命的围攻，女主角被送回MATRIX进行破坏，无奈Osiris号飞船却支持不下去了……

电影一开场就是核弹在比基尼环礁的爆炸，在炸弹引爆的水域一个巨大的锯齿状的尖刺从中升起。1999年，科学家芹泽博士和薇薇安-格雷厄姆（莎莉-霍金斯 饰演…

这天，美国纽约附近出现了一些异常现象：太平洋上的海浪速度超乎寻常地惊人、巴哈马巨大的原始森林里竟然出现了一个类似恐龙脚印的巨大痕迹、动物们都惊慌失措，仿佛一股巨大的力量正向纽约席卷而来。原来，世界上频繁的核试验引起的核辐射导致了气候异常和最终导致岛上蜥蜴变异。现在，它正以越来越快的步伐向纽约逼近。这下，所有的人都慌了神，美国全国的所有力量都联合了起来，目的只有一个，就是在它踏入纽约前将它干掉！

一道亮光划过天际，太平洋上波涛汹涌，海浪以不可思议的速度将一架货机卷入海里；巴哈马丛林中，出现了巨大的脚印；一股神秘的力量一直朝纽约而来，这座人口稠密的都市即将受到这个怪兽“哥斯拉”的袭击。“哥斯拉”是因为核试验造成气候异常而发生变化的恐龙，这只高90英尺庞大怪物的复活使整个纽约陷入一片混乱。科学家、新闻记者、电视台摄影师、军人等都联合起来对付它，但它造成的恐慌和破坏实在太大，以至所到之处全部化成废墟。

二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭…

二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭受到恐怖的袭击，岛上的老人声称这便是传说中的怪兽哥斯拉作怪。古生物专家山根京平教授受命前往调查，根据现场遗留的痕迹断定，这个怪物是200万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，并且在原子弹辐射的影响下，化身为更具破坏力的恐怖怪兽。该论断一经公布，便在日本国内引起轩然大波。政客和军队纷纷行动，意欲置哥斯拉于死地。而哥斯拉也闯入东京，进行一场毁灭性的破坏。人类的命运悬于一线……

The crew of the research vessel, The Calico, investigate strange phenomena and often meet menaces that force them to summon Godzilla to help.