人类要从哥斯拉手中夺回地球的战斗仍在继续。而打败哥斯拉的关键却是某神秘机械武器，而该武器早在两万年前就已经丢失。

「キングコング対ゴジラ」の空前の大ヒットの夢よもう一度とばかりに企画された一編。名古屋にほど近い干拓地から突然ゴジラが出現し、名古屋市内へ乗り込み破壊の限りを尽くす。正義の怪獣モスラは日本を守るためにゴジラに闘いを挑む。ゴジラがデビュー作をしのぐ徹底した凶暴な悪役ぶりをみせ、モスラの成虫及び幼虫と死闘を演じる。この作品でゴジラの悪のイメージは終わり、以降のシリーズではモスラをしのぐ正義の怪獣として、地球の平和を乱す宇宙人や怪獣と激闘を展開することになる。“ゴジラ“シリーズの一つの転換期を示す作品。

南海のゾルゲル島を舞台にゴジラの息子ミニラが初登場し、怪獣カマキラスやクモンガと対決する。この作品から特技監督が名匠・円谷英二から弟子の有島貞昌にバトン・タッチされた。ゴジラとミニラの親子の愛情がしっかり描き込まれている。

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。

电影一开场就是核弹在比基尼环礁的爆炸，在炸弹引爆的水域一个巨大的锯齿状的尖刺从中升起。1999年，科学家芹泽博士和薇薇安-格雷厄姆（莎莉-霍金斯 饰演…

1954年，美国发现因为使用核子武器而唤醒，具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用原子弹将其消灭，然而最后仅能使其沉睡于太平洋深处。此后各国便联合展开所谓“君主计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“君主计划”的学者芹泽猪四郎前往调查，怀疑并非因地壳变动所引发，在陷坑中发现了虫形怪兽“穆托”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。日本一所核电厂，因为不知原因的地震引发辐射外泄，造成与工程师乔·布罗迪 （ 布莱恩·克兰斯顿 饰）同在核电厂工作之妻子殉职。2014年，乔·布罗迪的儿子福特 （ 亚伦·泰勒-约翰逊 饰），现为海军上尉，专长为拆弹爆破。他居住在旧金山，与担任护士的妻子艾丽 （ 伊丽莎白·奥尔森 饰）育有一子。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著于辐射外泄真相之追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。将父亲保释出后，原本福特还是不能接受乔偏激的行为，但在乔的说服下，两人再度前往废核电厂管制区寻找证据遗物，发现早已没有核辐射。乔等人被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。基地原来是在过去这些年间一直致力于研究一个穆托的蛹。领队芹泽 （ 渡边谦 饰）得知乔曾是核电厂的工程师，交谈后发现原来两人怀疑核电厂事故的发生原因竟然相同：以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的；研判躲藏在废核电厂的穆托，有周期性与外界沟通的迹象，但不知作用为何。在两人前往查看途中，穆托突然孵化，并朝太平洋另一端飞去。发现怪兽出没的美国军方，早已在太平洋周边进行防御部属。芹泽告知军方以穆透的破坏力，人类的武器无法与之抗衡。恰巧因穆托与外界沟通期间，亦侦测到“哥斯拉”苏醒的回应，芹泽大胆推断人类需借助“哥斯拉”的威力来消灭“穆托”，一场令人难以预测的灾难席卷而来 。

这天，美国纽约附近出现了一些异常现象：太平洋上的海浪速度超乎寻常地惊人、巴哈马巨大的原始森林里竟然出现了一个类似恐龙脚印的巨大痕迹、动物们都惊慌失措，仿佛一股巨大的力量正向纽约席卷而来。原来，世界上频繁的核试验引起的核辐射导致了气候异常和最终导致岛上蜥蜴变异。现在，它正以越来越快的步伐向纽约逼近。这下，所有的人都慌了神，美国全国的所有力量都联合了起来，目的只有一个，就是在它踏入纽约前将它干掉！

一道亮光划过天际，太平洋上波涛汹涌，海浪以不可思议的速度将一架货机卷入海里；巴哈马丛林中，出现了巨大的脚印；一股神秘的力量一直朝纽约而来，这座人口稠密的都市即将受到这个怪兽“哥斯拉”的袭击。“哥斯拉”是因为核试验造成气候异常而发生变化的恐龙，这只高90英尺庞大怪物的复活使整个纽约陷入一片混乱。科学家、新闻记者、电视台摄影师、军人等都联合起来对付它，但它造成的恐慌和破坏实在太大，以至所到之处全部化成废墟……

一道亮光划过天际，太平洋上波涛汹涌，海浪以不可思议的速度将一架货机卷入海里；巴哈马丛林中，出现了巨大的脚印；一股神秘的力量一直朝纽约而来，这座人口稠密的都市即将受到这个怪兽“哥斯拉”的袭击。“哥斯拉”是因为核试验造成气候异常而发生变化的恐龙，这只高90英尺庞大怪物的复活使整个纽约陷入一片混乱。科学家、新闻记者、电视台摄影师、军人等都联合起来对付它，但它造成的恐慌和破坏实在太大，以至所到之处全部化成废墟。