突如其来的外星神秘敌人格米拉斯向地球发起了进攻。世界各国集结全部战力进行防卫，却惨遭覆没。格米拉斯投下了无数的游星炸弹，人类大部分被炸死。2199…

庵野秀明将执导动画《宇宙战舰大和号》。

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吉赛尔（Alina Cojocaru 饰）是一名非常美丽且单纯的农家姑娘，看林人希来里昂一直热烈的追求着她，但吉赛尔却并不喜欢这个小伙子。一天，吉赛尔邂逅了一位名叫劳伊思的农民，两人一起游山玩水，吉赛尔深深的坠入了情网之中。实际上，劳伊思只是假名，他的真实身份是地位尊贵的阿尔伯特伯爵。 　　柯特兰公爵带着女儿巴季尔德来山谷打猎，吉赛尔热情的接待了他们，巴季尔德还将一条贵重的项链赠送给了吉赛尔对她表示感谢。让吉赛尔没有想到的是，其实巴季尔德和她所爱的“劳伊思”早就定下了婚约，在如山的铁证面前，吉赛尔崩溃了。

吉赛尔（Alina Cojocaru 饰）是一名非常美丽且单纯的农家姑娘，看林人希来里昂一直热烈的追求着她，但吉赛尔却并不喜欢这个小伙子。一天，吉赛尔邂逅了一位名叫劳伊思的农民，两人一起游山玩水，吉赛尔深深的坠入了情网之中。实际上，劳伊思只是假名，他的真实身份是地位尊贵的阿尔伯特伯爵。 　　柯特兰公爵带着女儿巴季尔德来山谷打猎，吉赛尔热情的接待了他们，巴季尔德还将一条贵重的项链赠送给了吉赛尔对她表示感谢。让吉赛尔没有想到的是，其实巴季尔德和她所爱的“劳伊思”早就定下了婚约，在如山的铁证面前，吉赛尔崩溃了。

航空署观测到一颗未知行星，正以极高速度向地球撞来。为拯救地球，以杰克（Robert Horton 罗伯特•霍顿 饰）为首的特遣队登陆小行星，希图将其炸毁。队员们成功抵达，却在小行星上发现许多具生命特征的绿色不明物。限于总部的命令，特遣队未作深究，将行星炸毁，不期竟将绿色生物带回伽马3号空间站。 　　外星生物在空间站内大量繁殖，人类用镭射枪进行攻击，反使其吸收能量得到更快繁殖，在太空站内进行大肆破坏，伤亡人数不断增加。最终，人类能否想出办法击败外星生物，拯救自己的性命呢？

西元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。 2198年，地球接收了来自异星人行星“伊斯坎达尔”的“次元波动引擎”技术供应，并开启了恒星间航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。 2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”（アマテラス）的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。 回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身分受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”（イズモ计……

23世紀初頭、星間国家ボラー連邦と新興帝国ガルマン・ガミラス帝国との間で、銀河の覇権を争う銀河系大戦が勃発。ボラー連邦の属領バース星をめぐる戦闘で、ガルマン・ガミラス帝国軍の使用した惑星破壊プロトンミサイルが流れ弾となり太陽に命中。 　　地球連邦大学のサイモン教授は、太陽で起きている核融合の異常増進に気づく。このまま進行すれば、1年以内に地球は灼熱地獄となり人類は滅亡し、3年後には、超新星爆発を起こして太陽系自体が消滅する。観測データと導きだされた結論を地球の危機として警告を発するが、地球連邦政府は事態の深刻さを理解するどころか、サイモン教授を大学から解雇する。 　　ただ、地球防衛軍司令長官藤堂平九郎は、サイモン教授の警告を重く受けて止めていた。最悪の事態に備え、ヤマトを第2の地球探しの特務艦として、銀河系中心方向に派遣することを決定。長く艦長代理を務めてきた古代進を正式に新艦長として任命。補佐役として島大介及び真田志郎を副長に任命。また、土門竜介、揚羽武ら新人乗組員を乗船させ出航準備を進めさせる。暁の日本アルプスの雪原から、ヤマトは人類が移住可能な惑星探索に旅立つ。