「白連隊」和新選組加強對尊皇的取締， 在京師四處進行搜捕。 在一次行動中， 「白連隊」的鮫島太助， 從被新選組逮捕的天野口中， 得知有人要計劃暗殺京都的守護者松平容保。 另一方面， 負責守衛京師的新選組， 對正在池田屋進行秘密集會的倒幕志士展開了鎮壓……！？

会津军终于杀死了瑠仪， 并令白心乡走向灭亡。 雪村翔太郎在任务中受了重伤， 他在弟弟源太郎的陪同下， 踏上返回故乡会津的路。 当翔太郎慢慢地张开双眼， 发现做梦也要看到的磐梯山已出现在眼前……。 最后， 翔太郎带着对家人的思念、 朋友们可以一直活下去的愿望， 安详地合上双眼。 丧兄之痛带给源太郎的打击， 绝对比戊辰之战的战火更巨大， 而一心贯彻武士道的他， 最后下定决心继续勇往直前的决定是！？ 史上最强的武士漫画， 终于来到大结局————！！

會津、薩摩， 還有長州—— 京都首當其衝， 受盡三大勢力會戰所燃起的戰火蹂躪。 在動亂的形勢愈來愈明顯的同時， 翔太郎決定跟百舌完婚。 另一方面， 坂本龍馬和中岡慎太郎密謀倒幕， 但他們將要前往的地方， 竟然招待著勝海舟、 西鄉隆盛和高杉晋作！！ 而將這本來火火不容的三人邀請過來的， 就是鞍馬的天狗、 亦即是「白心鄉」的主人瑠儀！！ 「白心鄉」的主人瑠儀， 不惜喝下帶病的血， 為的就是招攬勝海舟、 西隆和高杉誧。 他到底密謀著甚麼——？

被俘虜的鮫島太助， 命運將何去何從！？ 而病榻中的高晋作， 亦正命懸一線…… 會津軍終於和死敵「白心鄉」相遇。 雖然遭受敵軍的窮追猛打而陷於劣勢， 但會津軍在雪村翔太郎的帶領下， 最後總算逃離了險境， 並繼續向著幕府敵人 ~ 長州的戰場前進。 在途中因作戰而受傷的鮫島太助， 決定一個人為隊伍殿後並伺機撤退。 不過由於錯失了時機， 落入了敵軍的包圍網後被俘虜……！？

在戰鬥中受了重傷； 而被長州軍俘虜的鮫島太助， 雖然得到了高杉晉作的悉心厚待， 但為了貫徹自己「隊的榮辱比自己性命重要」的武士道， 在數天後帶著輕鬆俐落的身心選擇了切腹自盡。 鮫島死後不久， 久病纏身的高杉也病死在下關， 結束了二十七年八個月的人生─── 隨後日本經歷了大政奉還， 正式邁向新的時代。 在勝海舟的促使下， 雪村翔太郎和其弟源太郎接受了新的任務， 和西鄉隆盛的心腹能基拿初次碰面……

幕軍返回了根據地江戶， 力求東山再起。 翔太郎立誓， 要從全面敗北的劣勢下捲土重來， 但百舌和阿z， 千里迢迢從會津來到江戶探望， 令他的內心產生了複雜的變化。 另一方面， 得知菊乃的病情並不樂觀後， 源太郎惶恐不安， 決定趕回故鄉會津一趙。 對自己所信任的源太郎情深一往的同時， 菊乃封鎖著內心的呼叫， 最後終於流出了真心的淚水———— 會津軍快將迎來真正的關鍵一戰。

幕軍雖然沒有在戰火中被消滅， 但卻被敵軍逼進了更絕望的境地。 「可依靠的只有會津」…… 將軍德川慶喜把最後的希望交托給會津軍， 並命令翔太郎執行計策， 就是要翔太郎「當將軍的替身前往上總，伺機把瑠儀殺死」。 翔太郎等人下了必死的決心深入「白心鄉」大本營， 究竟他們能否代替德川慶喜完成殺死瑠儀的宿願！？ 翔太郎vs瑠儀， 這場前所未有的最終之戰， 正式展開……！！

翔太郎等人從擄來的「白心鄉」幹部； 得知坂本龍馬將會和瑠美儀秘密見面後， 便決定利用這絕佳的機會， 部署襲擊近江屋。 源太郎嘗試於天堂飛行的氣球上， 以力花火和飛天藍子作為武器， 發動襲擊。 另一方面， 潛入近江屋的翔太郎， 終遇上坂本龍馬及中岡慎太郎。 手握著劍的翔太郎， 和手持最先進手搶的坂本對峙著。 翔、源能VS「白薩長」同盟， 夾雜著新仇舊恨的戰鬥一觸即發。

西鄉成功進入了「白心鄉」的碉堡， 在進退兩難的緊迫感當中， 他接受了瑠儀對他的盛情款待， 同時亦被預早洞悉出時代轉變的新世界所吸引。 另一方面， 翔太郎、源太郎和阿能3人， 拚死在「白心鄉」的碉堡登陸。 源太郎在毫無心理準備的情況下遇上了瑠儀！ 從源太郎的槍打出的子彈把瑠儀的左臂奪去！！ 最後事情在誰也預計不到的情況下結束……。 志氣和武士道互相衝突的亂世， 終於揭幕了！ 在不久後， 這亦將引導日本走進史上最大規模的內戰 ~ 戊辰戰爭————