本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪腐横行，民不聊生。奸臣严嵩（倪大红 饰）拥护者众多，在朝中势力巨大。清官海瑞（黄志忠 饰）不畏权势，敢于向腐败的封建皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）修道二十年，始终掌控着明朝的军政经济大权。当时，中国经济发达，市场文化繁荣，但社会各阶层矛盾突出。国家实行的大规模土地兼并，使数百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专制统治引起地方各级官员的不满，“推翻严嵩”的呼声甚嚣尘上。从上到下，从内到外，从朝廷到地方，到处都充满了阴谋诡计，忠臣将相、奸臣奸人都在当时登上了历史的舞台……