《子时归兮》讲述了十一个夜幕降临后发生的奇幻悬疑故事。同学聚会合影中惊现的诡异身影，半睡半醒间不断响起的敲门声，一通来路不明的死亡通知电话……十一个怪诞诡奇的事件，打破了一个个平静的夜晚。

楚汉时期，项羽起兵，刘邦称雄。赵小坨和老发是项羽军中人，两人情同手足，称兄道弟。却在一次战争，老发为救小坨而腿部受伤。节节败退的项羽军队欲精简转战，遂决定抛弃军中伤兵。此时的赵小坨已成为将军眼前的红人，却令带伤的兄长老发冒死行刺刘邦……

林佳16岁生日宴上，一通电话彻底撕开了和睦家庭的面具。人人试探、猜疑、隐忍、包庇。在完美家庭和父亲之间，深受打击的林佳看不清自己的归处。

灵越仙君，原是天地间一株苍翠的竹灵，因邵华帝君一句“历劫归来与你定亲”，心头微动。未料，帝君爱宠红鲤鱼私自下凡，灵越为追回“定情信物”，毅然追入凡尘，却被司命君巧借天命，让她替代了邵华凡间妻子的身份，开启了一场长达数年的炼狱之劫。

初一和爷爷相依为命，经营着祖上传承的药铺，药铺每晚子时开门，三更关门，所以被称为：子时药铺。初一却一直疑惑，自己从未看到过爷爷抓药治病救人。于是夜晚，初一悄悄来到药铺，就此跟着爷爷开启自己继承祖业的道路。每晚，故事准时上演。

初一与爷爷相依为命，守着祖上传下的子时药铺。每晚子时开门，三更关门，可初一从未见爷爷抓过药。直到那夜他偷偷去看，一个神秘女子找上门，求医“执念之症”，留下几句古怪线索便凭空消失。爷爷让初一立下契约，从此接手坐堂，并立下三条规矩：子时开、鸡鸣关，不可强解执念，不可乱说。李医生深夜求助，女儿回家后对着秋千独自唱歌，谁都看不见人。初一查出真相，以符纸相助，让母女完成最后告别。此后每晚，初一都能听见有人唤他名字，子时药铺的故事，才刚刚开始。

初一与爷爷经营“子时药铺”，专医执念人心。某夜，一女子求医，留下“南沟老槐，半夜钟鸣”便消失。爷爷让初一签下契约，立下三规：子时开、鸡鸣关；不强行化解执念；不乱说。随后李医生求助，女儿见不到他。初一发现李医生耗尽心血，祭符相助，母女终得告别。从此初一坐堂行医，却每夜听见神秘呼唤，故事未完。

朝堂之上，女扮男装的傅时晚与周子旭是死对头。一场酒后二人有了纠葛，傅时晚悄然离京，三年后携子傅晏夕归来，幼童眉眼酷似周子旭。周子旭察觉端倪，以 “义父” 之名步步试探，不惜自损清誉、甘受家法。真相揭开时，他红着眼诉尽深藏的心意，从政敌变并肩人，倾力守护傅时晚，助她叩开女子科举的大门。

兰靖灰和凌冬是一对互不相容又“相爱相杀”的同窗舅甥，“二表舅”凌冬为帮助“大外甥”兰靖灰重拾人生理想，用尽手段。兰靖灰却不领情恶搞凌冬意外“误伤”了其貌不扬的同窗女孩肖小画，从此肖小画的学习、生活与舅甥交缠在了一起。三个人从相识相知到相互鼓励，一路啼笑皆非、披荆斩棘朝着大学的目标迈进……