并非此处的世界，并非此时的时代。 被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。 12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。 但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。 与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，究竟要如何将自己的祖国导向和平？ ——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……？

在真嗣沉睡的14年间到底发生了什么？明日香的身上又发生了什么样的变故？绫波零又将面临什么样的结局？神经元的目的逐渐浮出水面，维勒为了阻止神经元，整装待发前往最终决战之地！ 再见了，所有的新世纪福音战士。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。