宁采臣情场失意，与伙伴小狗金坚一起四处要账为生。途中他遇到了以降妖除魔为己任的白云、十方师徒及道士燕赤霞。一日，宁采臣误入鬼界，遇见女鬼小倩并对她一见钟情。小倩一心想为树妖姥姥吸取人的阳气。在她阴谋即将得逞之际，燕赤霞正好赶来驱鬼。在危急时刻宁采臣拼死相救，二人乘投胎列车逃脱。白天不能见光的小倩又被宁采臣所救，宁还答应送她至兰若寺见偶像黑山老妖。因小小的差错，小倩遭黑山老妖的毒手，又是宁采臣舍命相救。小倩将宁采臣带至姥姥处，由于两人之间已生情缘，小倩将宁救回。两人约定来生相伴并一起去投胎，黑山老妖出来阻挠，白云十方师徒、燕赤霞赶到，恶斗一场。投胎过程中，宁采臣不慎被撞回人间。当他兴冲冲赶到小倩投胎的人家时，却发觉新生儿是个男孩，不禁万念俱灰 。徐克在20世纪80年代末期就期待着能拍一部动画电影，但一直苦于没有资金，一堆想法就搁置了下来 。1997年，徐克以他的《倩女幽魂》为蓝本，延伸出一部动画长片 ，作品根据中国古代传说改编 ，动画片《小倩》融合了前三部《倩女幽魂》系列电影的故事 ，剧情着眼于小倩的既想投胎重新做人又担心来世 ，《小倩》本来讲聊斋故事，徐克把故事的主人公年龄从20多岁减到15岁，把娱乐性手段包括感情戏加入青少年成长尴尬，用现代社会的缩影去表现很多“鬼事件” ；该部动画片的制作耗时四年 ，二维人物结合三维背景电脑处理 ，是香港第一部引入三维技术的动画电影 。

改编自蒲松龄《聊斋志异》之《聂小倩》。小倩生前被人所负含恨而终，死后化为女鬼，被姥姥囚禁于兰若寺。恰逢书生宁生进京赶考，借宿此地，意外救下小倩。逃亡途中，两人不断遭遇人间及地府势力的阻挠，却也在此般经历中感情升温。宁生带着小倩感受了人间美好，小倩决心还阳，却在到达鬼市后发现事情远没有这么简单……

该片叙述聂小倩穿越500年，来到现代碰上转世的宁采臣，以及心里一直挂念她的道士燕赤霞，展开人鬼三角恋，剪不断、理还乱时，更遇上树妖姥姥的绝地复仇。

被妖物控制的孤弱少女聂小倩，为给树妖姥姥准备贡品，偶然间遇到上京赶考的书生宁采臣。本性善良的小倩再多次与宁采臣接触后，被期纯真的品质锁打动。宁采臣得知小倩境遇后，请求燕赤霞取回小倩元魄，不料遭到黑山老妖阻拦，从而渡过了一段曲折艰辛从妖到人的经历。最终邪不胜正，宁采臣与聂小倩终成眷属。

宁采臣与小倩被大妖姥姥追杀，剑侠燕赤霞出手相救，大战后姥姥引爆妖丹，众人堕入轮回。来到现代的宁采臣到兰若集团求职，再遇聂小倩。兰若集团是姥姥用来掩人耳目偷偷吸取网络玩家和公司员工血气精华的魔窟。上一世拜师燕赤霞修行剑术的宁采臣终于顿悟，这一世他能否靠自己击败姥姥，救出小倩？