故事发生在美丽的志摩市。因交通意外失去母亲的小男孩相泽透，一天在好奇心的驱使下，在海岛上找到一块闪烁着红光的石头，上面还有一枚蛋。刚握在手里，从蛋里竟孵出一只小乌龟来，为了纪念母亲生前对他的昵称，小透给小乌龟起名为“透透”，并瞒着父亲孝介把透透养在家里。 　　平常在家里不爱说话的小透，由此一天天的开朗起来，这让孝介感到惊讶而欣慰。然而，事情并没有这么简单，这并不是普通的小乌龟，它不但生长速度惊人，而且还懂得制造气流在空中飞行，青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣了解到这一切，她告诉小透，透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉。后来，透透长大到实在没法遮掩，小透便把它搬进了海边一个秘密小屋。 　　麻衣原来一直有心脏毛病，翌日她将要到名古屋的大医院动手术。得知此事，小透决定要送给麻衣当地流传能带来好运的绯红色守护石，而这块守护石，正是透透出生时那块发出红光的石头窝，麻衣为此向“两个小透”都表示感激。 　　一天，小屋里的透透突然不见踪影，小透正要四出寻找，一头凶恶的蜥蜴怪兽积达士出现，不仅在市镇上大肆破坏，还掠食人类。孝介赶到现场，打算带儿子和他的小伙伴脱离险境，却不知积达士已经在背后张开了血盆大口。千钧一发之际，一个庞大身影闪过将积达士撞开，果然，透透就是年幼的加美拉。 　　只有成年体型四分之一的透透，经过苦战一场，终于把积达士打入大海，而自己也耗尽了力气，被政府内阁官员带同巨型生物审议委员会抓走，小透却只能眼睁睁的看着透透被军方押送离开。不过，坏消息随后带来了一个好消息：麻衣的母亲来电告诉小透，女儿的手术顺利完成，奇怪的是，麻衣在梦中却一直念叨着要把守护石还给透透。 　　学者雨宫本想对加美拉进行催长手术，好让它尽快长大足以抵抗恐怖怪兽的袭击，没想试验还在进行的时候，积达士再次在名古屋登陆，直接给研究所杀了个措手不及，成长不完全的透透，也只好再度迎战。而此时的小透，正在赶往名古屋的路上，他明白到守护石必须回到透透身上，才能让透透发挥出最大的力量。 　　可是小透徒步实在太慢了，麻衣也心急如焚要亲自送守护石回去，却被父母和医生劝阻，透透面对积达士完全没有还手之力，这下子可危险了……！

ニューヨーク・コミコン2015での初公開後は世界で話題となっており、50周年記念特設サイトも解説されている。2014年秋にKADOKAWAの井上伸一郎やプロデューサーの菊池剛に依頼され、「これは大変そうだと思いつつも、こんな機会はめったにあるものじゃない」と引き受けた石井は、井上の用意したプロットではなくゴジラシリーズなどで実績を持つ都築雄二と相談して独自に作ったプロットを元に、ガメラとギャオスのほか、もう1体の怪獣のデザイン案も描いた。怪獣は全てCGで表現されているが、石井としては「イリスと似ちゃうかもしれないという危惧もあって、けっこう悩みました」という。 　　約4分強の内容の制作は、長編映画と同様の段取りに絵コンテやプレビズなど、より細かな作業を経てアニメに近いものとなった。CG制作のメインにオムニバス・ジャパンを推薦した都築は、CGチームにとって面倒な作業である、厳密にパースを合わせたレイアウトの作成にこだわった。また、舞台となった六本木はCG向けのデータが揃っていなかったため、美術部とCGチームによるロケハンが何度も行われたという。

大映が初めて手掛けた、1965年制作の本格怪獣映画『ガメラ』シリーズ第1作。監督は、湯浅憲明。北極海上で原爆を積んだ国籍不明機が米軍機によって撃墜され、氷山に墜落した。このため、積んでいた原爆は爆発、氷山に閉じ込められていたエスキモーの伝説の怪獣ガメラが蘇った。巨大な亀怪獣ガメラはその後姿を消し、入れ替わるかのように世界中で謎の空飛ぶ円盤が目撃される。人々の関心が空飛ぶ円盤に移り、ガメラのことが忘れられた頃、再びガメラが北海道にその姿を現した。自衛隊の作戦で仰向けにひっくり返されたガメラ。起き上がることの出来ないガメラに、人々は勝利を確信するが・・・。

大映が初めて手掛けた、1965年制作の本格怪獣映画『ガメラ』シリーズ第1作。監督は、湯浅憲明。北極海上で原爆を積んだ国籍不明機が米軍機によって撃墜され、氷山に墜落した。このため、積んでいた原爆は爆発、氷山に閉じ込められていたエスキモーの伝説の怪獣ガメラが蘇った。巨大な亀怪獣ガメラはその後姿を消し、入れ替わるかのように世界中で謎の空飛ぶ円盤が目撃される。人々の関心が空飛ぶ円盤に移り、ガメラのことが忘れられた頃、再びガメラが北海道にその姿を現した。自衛隊の作戦で仰向けにひっくり返されたガメラ。起き上がることの出来ないガメラに、人々は勝利を確信するが・・・。

地球征服をたくらむ宇宙海賊・ザノンが次々と送り込む怪獣を、平和星M38から派遣された3人の宇宙人が、ガメラを呼んで撃退する。“ガメラ“シリーズ全7作から、ガメラと怪獣たちの戦闘シーンをピック・アップしたアンソロジー。

1989 年夏天，东京的四个孩童目睹龟形怪兽加美拉出现，英勇地对抗巨型食人怪。

1999年，长峰博士在赤道附近发现了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发现了卡美拉的墓场。 　　时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时卡美拉受到加欧斯的攻击而落下，在卡美拉起身时破坏了绫奈的家，而绫奈的父母来不及逃出。目睹父母身亡的绫奈，从此开始憎恨卡美拉.... 　　时间再拉回到1999年，居住在乡下亲戚家的绫奈饱受同学的欺负，有一天绫奈被同学叫到供奉一个东西叫做"柳星张"的神社，同学要绫奈将里面的东西给搬出来，此时世世代代守护着柳星张的守部家成员守部美雪见到此状，于是偷偷的去告知自己的哥哥龙成，龙成便到神社将绫奈的同学赶走，此时绫奈把东西搬出来，龙成便要求绫奈把东西给搬回去，但是在绫奈搬走东西的原处，两人发现了一个奇怪的东西，两人见状便吓得逃走，到了晚上，那个东西出现了变化，里面出现了一个东西... 　　而在此同时，加欧斯出现在东京涩谷上空，没多久之后一阵爆炸声，加欧斯被击中，并且坠落在涩谷车站，此时卡美拉从空中降落.....

1999年，长峰博士在赤道附近发现了加欧斯的变异种，同时候在日本西南方的海中发现了卡美拉的墓场。 　　时间回到1995年的东京，因为加欧斯来袭，比良坂绫奈一家人准备离开东京，此时卡美拉受到加欧斯的攻击而落下，在卡美拉起身时破坏了绫奈的家，而绫奈的父母来不及逃出。目睹父母身亡的绫奈，从此开始憎恨卡美拉.... 　　时间再拉回到1999年，居住在乡下亲戚家的绫奈饱受同学的欺负，有一天绫奈被同学叫到供奉一个东西叫做"柳星张"的神社，同学要绫奈将里面的东西给搬出来，此时世世代代守护着柳星张的守部家成员守部美雪见到此状，于是偷偷的去告知自己的哥哥龙成，龙成便到神社将绫奈的同学赶走，此时绫奈把东西搬出来，龙成便要求绫奈把东西给搬回去，但是在绫奈搬走东西的原处，两人发现了一个奇怪的东西，两人见状便吓得逃走，到了晚上，那个东西出现了变化，里面出现了一个东西... 　　而在此同时，加欧斯出现在东京涩谷上空，没多久之后一阵爆炸声，加欧斯被击中，并且坠落在涩谷车站，此时卡美拉从空中降落.....

卡美拉与卡欧斯决战后的冬天，北海道降下流星雨，其中一颗坠落在支笏湖南西方约一公里处，陆上自卫队第11师团随即派出化学防护小队，渡良瀬佑介二佐与花谷陆尉深入调查，发现到了是陨石坠落。 　　五天后，事件的原凶开始现身，札幌市地下铁的电车在隧道内被不明生物攻击，北海道札幌市的薄野出现巨大植物，巨大植物窜出一群体长3m，类似昆虫的甲壳类生物。 　　怪虫(Legion)与植物是与流星一起飞来的地球外物体，两者属共生关系，Legion会借由啃食硅酮并分泌氧气来制造植物(草体)，在这种高浓度氧的环境下，地球生物绝对无法生存，自卫队决定用爆破处理草体。此时海上自卫队探测到卡美拉往札幌飞去........

冒険好きな二人の少年が、宇宙船に閉じ込められ第十惑星に連れ去られ、宇宙人に食べられそうになる。そこにガメラが現れて二人を救う。宇宙人はギロンをけしかけるが、ガメラの敵ではなかった。第3作に登場したギャオスが再登場するが、ギロンにあっさりやられてしまう。