乾隆三十八年间，少林叛徒高进忠率领清兵血洗少林。侥幸逃生的义士对高恨之入骨，誓杀奸贼以报冤仇。然而几次复仇行动皆告失败，以洪熙官为首的一众义士避开清兵锋芒，前往广州创办了“琼花会馆”。但不久高进忠调任广州提督，来至此地，双方又是一场恶斗。 另一方面，广州方姓之家有一公子，名叫世玉，他自幼随母习武，功夫了得，加上天性顽皮，少不得在外惹出祸端。广州恶霸雷老虎死在方世玉手下，雷的妻子李小环和丈人李巴山对世玉穷追不舍。危急时刻，奄奄一息的世玉遇见了正在逃避官府追杀的洪熙官……

《少林英雄》是河南卫视精心打造的一档大型户外儿童真人秀。节目中由于荣光、倪虹洁两位明星教练，带领10个萌娃完成为期2个月的少林寺封闭式训练营生活。在此期间，他们和少林寺僧人同吃同住，学习少林文化，体验少林生活。

白眉道人（罗烈 饰）表面看来是名门正派，实际上和朝廷暗中勾结，沦为其爪牙，专门为其铲除异己。在放火将少林寺烧毁于一旦后，白眉道人并未善罢甘休，而是继续大开杀戒，洪熙官（陈观泰 饰）幸运的逃过一劫，过着东躲西藏的日子，之后邂逅了名为方咏春（李丽丽 饰）的侠女，两人互生情愫，结为夫妇。不久之后，洪熙官和方咏春的儿子洪文定（汪禹 饰）呱呱坠地，在夫妇两人的栽培下茁壮成长。不幸的是，白眉道人最终还是觅得了洪熙官的踪迹......

洪熙官（甄子丹 饰）是朝廷武官洪亭南（潘志文 饰）的儿子，对武术十分痴迷。洪亭南表面为朝廷效忠，但其真实身份却是主张反清复明的革命领袖，当这致命的秘密暴露之时，亦是洪亭南家破人亡之际。 　　父亲的死让洪熙官受到了很大的刺激，他发誓要好好研习武艺，替父亲报仇雪恨。洪熙官和好友高进忠（甑志强 饰）、童千斤（梁日豪 饰）一起进入了少林寺修习，之后三人遇见了同样武艺高强的方世玉（张家辉 饰），彼此之间结下了极为深厚的友谊。然而，洪熙官发现高进忠心术不正沦为叛徒，更企图对栽培他的师傅和整个少林寺行不轨之事，忍无可忍的洪熙官站了出了，和昔日好友兵戈相见。

方世玉（李连杰 饰）原是城中纨绔子弟，好打抱不平。一日，他闻说外省富豪雷老虎在次设下擂台，比武招亲，又听讲雷小姐貌美如花，遂前往比武招亲。当方世…

顽劣不羁的少年方世玉仗着一身铜皮铁骨，在广州素有小霸王之称。性格争强好胜，做事不计后果，但心地善良，有强烈的正义感，头脑灵活，搞笑风趣。其父方德为让方世玉修身养性，便将他送去了杭州的九逸会馆下属的一所义学去念书习武。在念书习武的过程中，方世玉认识了同来求学的洪熙官与胡惠乾，三个性格迥异的年轻人，从相互排斥最终成为挚友，并一起面对以雷老虎为首的恶势力。方世玉与洪熙官同窗之后，受收洪熙官影响，张扬的性格开始稍有收敛，行事也变得沉稳起来。继而却因为擂台上误杀雷老虎，性格再次发生变化，其间还经历了与雷老虎义女雷无双朦胧的爱情。经过了一系列的风波，最终，方世玉从一个懵懂莽撞的少年逐渐成长为了名震一时的盖世小英雄。

少林寺众僧立志反清复明，至善禅师（姜大卫）前往峨嵋山取得炼钢之法和铸造各种兵器、暗器的图样之后，匆匆赶回少林，却遇上清兵火烧少林寺，寺中众僧大部份血战而死。至善前往南方，肩负起重建少林寺的重任，一面化缘募捐，一面结识江湖豪杰，并收录李锦纶（徐少强）、童千斤（吴杭生）等热血青年为弟子……

清康熙年间，少林弟子洪熙官为完成师父蔡九仪遗志，携带其临终前托付的明代藏宝图，与师弟方世玉前往广州发扬少林武学。在和吴三桂势力，朝廷势力，广东拳师等不同敌人交手过程中，洪熙官逐渐将明末戚家军功夫、少林功夫、广东地方拳融合一体，开创出“拳脚天下”的洪拳，创立了集百家之长的“洪门”。

影片讲述方世玉义父遭红花会叛徒所杀，方世玉追凶复仇寻求真相。他身负血海深仇与同门希望，为寻求正义大战红花叛党，偶遇刁蛮千金携手同行，在昔日青梅…