因为天使丘比特的恶作剧，蓝宝石在出生的时候就同时拥有女人之心和男人之心。因为王家只有男人能够继承王位的规定，女孩子从小被以王子的身份抚养长大。丘比特被派到人间纠正自己的错误从而使王子恢复女儿身。由此引发的一系列的冒险故事。

因为天使丘比特的恶作剧，蓝宝石在出生的时候就同时拥有女人之心和男人之心。因为王家只有男人能够继承王位的规定，女孩子从小被以王子的身份抚养长大。丘比特被派到人间纠正自己的错误从而使王子恢复女儿身。由此引发的一系列的冒险故事。

神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，亲自执刀为儿子进行改造手术。敬介醒来后，父亲已死，透过计算机留言，敬介了解GOD欲危害世界的阴谋，于是背负起对抗邪恶的责任，成为第五号的假面骑士·假面骑士X。

舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能支配的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵略。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后因为能力出众而被提拔为最前线的战斗指挥官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而构成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战斗单元经过激战而全军覆灭之后，于四年前成立的第六战斗单元「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），共同浴血奋战，应对来自异世界的攻击和威胁。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。

与现实略有不同的地球。地球正遭受来自“红之世界”的侵略者【Nightfly O'Note】的威胁。 人类为了与之对抗，而设立了对相位外防卫机关【LAG】，并组成对Nightfly O'Note战斗单位【Scared Rider】，即使在过去的五次战斗中重蹈全灭的覆辙，依然继续战斗着。 不久之后，一名少女麻黄明以教官兼指挥官的身份前往LAG赴任，刚一到任，停止的Nightfly O'Note侵袭再度开始了。 第六战斗单位【Scared Rider Xechs】的成员们，为了与明一同守护世界，而投身于战场。 这是她与少年们的爱与友情与战斗的物语。

神秘组织·GOD看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，…

故事讲述平凡的大学生雨宫夕日，某日一只会说话的蜥蜴宣告他被选为拯救世界的骑士。正当夕日对此半信半疑时受到敌人的袭击，并被他应守护的公主朝日奈五月雨拯救，没想到公主却是企图征服世界的魔王。夕日受到五月雨的气概与强大吸引，而成为她忠实的骑士。

雨宫夕日是一名极其普通的平凡大学生。某一天，一只会说话的蜥蜴出现在他面前，请求他帮忙拯救「地球的危机」。还不等夕日拒绝，他就成为了兽之骑士团的一员，戒指的力量赐予了他超能力——掌握领域，却不料很快就遭遇了敌人的袭击。就在夕日陷入绝境之时，解救他的居然是住在隔壁的少女——五月雨。本以为是救世主降临，没想到五月雨竟然是企图征服地球的魔王…… 夕日被那破天荒的实力和魔王的魅力所吸引，成为了五月雨的仆人，开始帮助她实现其他的愿望。

伦太郎（山口贵也 饰）和芽依（川津明日香 饰）遇到了C花音（工藤美樱 饰）。毫不知情的伦太郎对C花音的力量惊愕不已。 　　之后，伦太郎二人又遇到了真正的花音（工藤美樱 饰），他们一同想阻止C花音的暴走，但C花音毫不理会。 　　然后，丹顿的残党盯上C花音，出现了。伦太郎变身为Blades战斗，但圣剑之力对眼魔的科学技术毫无效果。花音也陷入了危机。 　　这时，深海诚（山本凉介 饰）来了，他的手上拿着奇幻驾驭书……

A little girl named Sayoko witnesses the murder of an Interpol agent by the G.O.D. kaijin Hercules. Keisuke Jin saves her before Hercules disposes of her. Sayoko tells Keisuke that G.O.D. is targeting an important official named Kibara. Kamen Rider X has his hands full when G.O.D abducts Kibara and takes Sayoko and her mother hostage.