全新改版，卡巴殖裝再出發！少年深町晶在某個巧合之下接觸到神秘的「單元‧Ｇ」，意外成為了遠古時期外星人所留下的強殖裝甲「卡巴」的殖裝者，但是這一切卻是一連串悲劇和戰鬥的開始!?外星人的遺產「強殖裝甲－－卡巴」與想奪回強殖裝甲的神秘組織「克諾斯」之間的悲壯戰鬥！由台灣角川以最高水準替讀者重新呈現！卡巴的愛好者們絕對不容錯過！

為了救出被克諾斯帶走的瀨川兄妹及父親，深町及村上深入克諾斯的遺跡基地──魅奈神山。然而等待著他們的是獸化兵的菁英──超獸化兵５人組！在強敵面前，連善戰的卡巴Ⅲ也敗下陣來，深町更因控制金屬遭受電擊而陷入戰鬥不能的狀況。在好不容易逃出敵陣之後，等待著深町的卻是更殘酷的地獄!?

根據小田桐主任的指示而侵入遺跡內部的晶與卷島，在遺跡的主控室內，晶與遺跡的生體電腦連結而啟動了遺跡宇宙船，成為了遺跡的中樞腦。另一方面，阿卡菲爾與被逼上絕路的吉歐開戰，而阿普頓則趁機潛入遺跡基地捕食超獸化兵剩下的幾人，遺跡基地內的情況開始失控！

在巨人殖裝的面前，出現了熟悉的身影！然而那卻是已經成為第十三位獸神將的村上！在昔日戰友無情的攻擊下，卡巴陷入大危機！

卡巴Ⅲ與三神將展開激戰後終於將炎魋給斬殺！卡巴Ⅰ卻遇上了前盟友阿普頓的刀刃相向，再加上另外3名神將的思念波攻擊，使得強殖裝甲消失了…

卡巴Ⅰ反擊開始！卡巴面對惡魔阿普頓的新武器「高周波槍」而陷入苦戰。再加上有翼獸化兵威卡魯魯的超音波攻擊，卡巴Ⅰ的控制金屬發生異常，「殖裝」被強制解除。失去意識的晶被威卡魯魯帶走。另一方面，在「亞利桑納地底大壕洞」中十二神將瓦夫達諾斯與李剡魋跟黑色巨人殖裝展開血淋淋的激戰。目睹剡魋的失敗，瓦夫達諾斯震驚並且憤怒，而他的身體也產生變化……!?

遭到獸神將控制的「惡魔阿普頓」不斷的攻擊晶與速水，晶在氣憤之餘，更下定決心要將阿普頓救回。另一方面，積極想進入聖櫃的顎人在獸神將李剡魋使出絕空斬的猛攻之下，受到重創，他該如何脫困呢？

進入阿卡菲爾之回憶的村上，終於得知阿卡菲爾及降臨者之間關係的謎團，人類史上的第一名殖裝體、阿卡菲爾的沉眠病症及西拉島的由來也隨之揭曉。另一方面，顎人襲擊克諾斯總部基地的目的原來是獸化兵的調製專家──海林格博士。從克諾斯擄走博士的顎人，他的真實目的究竟是？而十二神將中也出現了異狀，三名獸神將結成聯合陣線，在暗中開始施展陰謀，上了當的卡巴Ⅰ因此對上了統轄日本支部的獸神將──普魯達！

為了救出阿普頓，晶與速水潛入了戒備森嚴的雲界之門。成功潛入敵陣的兩人，遭遇了待機中的因賽姆Ⅲ部隊。救援行動才剛開始就不斷出現驚險場面的兩人，幾經艱辛終於到達了囚禁阿普頓的實驗．開發部門。另一方面，在美國的顎人也展開了新行動。他奪取了要回到克諾斯的亞利桑納總部的VIP專用機，趁著巴卡斯不在總部之際，正面闖入了敵方本陣。他的目的是位於地下大壕洞的降臨者最大的遺產──「烏拉努斯聖櫃」……

晶因親手殺死自己的父親，精神受到打擊而失去殖裝能力。面對襲擊而來的獸神將吉歐，同伴一行人也生死未卜。面對阿普頓的襲擊，晶終於克服創傷重新殖裝！但在那之後阿普頓又進化為令人意想不到的生命型態……