一道亮光划过天际，太平洋上波涛汹涌，海浪以不可思议的速度将一架货机卷入海里；巴哈马丛林中，出现了巨大的脚印；一股神秘的力量一直朝纽约而来，这座人口稠密的都市即将受到这个怪兽“哥斯拉”的袭击。“哥斯拉”是因为核试验造成气候异常而发生变化的恐龙，这只高90英尺庞大怪物的复活使整个纽约陷入一片混乱。科学家、新闻记者、电视台摄影师、军人等都联合起来对付它，但它造成的恐慌和破坏实在太大，以至所到之处全部化成废墟。

来自美国《世界新闻》报社的记者斯蒂芬·马丁（雷蒙德·波尔 Raymond Burr 饰）乘飞机前往开罗，在东京转机期间却遭遇令他永生难忘的事情。日本方面一艘打捞船突然与陆地失去联系，前往救援的船只也不幸遇难。从幸存者的口中世人得知，这些遇难船遭到了恐怖的怪物哥斯拉的袭击。著名古生物学家山根京平博士对遭遇袭击的大户岛进行勘查，证实哥斯拉实为两百万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，由于受到原子弹的辐射和氢弹试验的影响而发生突变，并重现人间。人类面临空前的灾难，斯蒂芬成为了这场灾难的见证者…… 本片根据香山滋的科幻小说改编，该版本为美国重新剪辑并在国内公映的版本。

二十世纪最后的夏天。那一天人类第一次知晓，自己并非地球唯一的支配者。地球上出现了巨大生物“怪兽”和能够驱逐怪兽的强大的存在——“哥斯拉”。和怪兽的战斗持续了半个世纪，人类不断失败和逃亡，最终不得已实施了逃离地球的计划。2048年，由中央政府管理下的人工智能筛选出的人类搭乘恒星移民船“阿拉特拉姆”号向11.9光年外的“鲸鱼座塔e星”前进。但是，历经长达20年的旅程终于到达的塔e星与地球的环境比预计的还要恶劣，并不适合人类的存续。另一方面，搭乘移民船的青年——晴生，曾在4岁时亲眼目睹双亲被哥斯拉杀害，20年间一直在研究如何打倒哥斯拉并夺回地球。当得知移民的可能性已不存在时，生存环境日益恶劣的船内，以晴生为中心的“回归地球派”人数渐增，并决定展开危险的长距离亚空间移动，重回地球。然而，他们所回到的是经历了2万年的岁月后的地球，已形成了以哥斯拉为顶点的生态系统的未知世界。究竟人类能否夺回曾经属于自己的星球，晴生的命运又会如何……

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二十世纪最后的夏天。那一天人类第一次知晓，自己并非地球唯一的支配者。　　　地球上出现了巨大生物“怪兽”和能够驱逐怪兽的强大的存在——“哥斯拉…

2009年，动物基因组学 （帝王计划）研究机构的一个小组在一座庙里研究着魔斯拉。她从幼体中孵出，在一群雇佣兵袭击这个机构时，魔斯拉逃了出去。然后她在一个瀑布包了茧，随后破茧而出，完成了全形态生长。2014年，哥斯拉被整个世界看到后，“帝王组织”在水下建了一个基地，在这个位于水下好几英里的水中基地中，他们研究着哥斯拉和其它可能存在的生物。那是他们真正的研究核心。在“旧金山事件”结束后，人类获得了短暂的和平。但这并没有阻止怪兽们觉醒，反而更加来势汹汹，长期沉睡于地底和冰川里面神秘的巨兽在星球上面已经有上万，甚至好几万年的历史，它们要把这个星球重新夺回自己的手下。接连出现在人类眼前的怪兽纷纷证明了一件事：它们才是地球的真正霸主，不论是地球的守护者还是毁灭者，战至最后的一位才能成为怪兽之王，“统领”全世界。正当帝王组织也一筹莫展之际，哥斯拉突然苏醒，它去消灭那些未来可能会去损害大自然平衡的生物。后来，哥斯拉和魔斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。而击败基多拉正是抑制这次怪兽袭击的关键，两位王者巨兽的正面对决就此打响，在城市中一分高下，证明谁才是真正的怪兽之王。面对怪兽争霸，人类也没有选择袖手旁观，而是英勇无畏地冲向这些庞然大物，与哥斯拉并肩作战，誓死为地球存亡而战 。

三原火山爆发时弄醒了沉睡的哥斯拉，牠为了补充能源，先後袭击了一艘日本渔船及苏联的潜航舰。日本政府反对运用核武，皆因会连累无辜的市民蒙受死伤。于是出动超级火战机正面跟哥斯拉交锋。同时，林田博士亦发现了哥斯拉会受一种电波影响，并且会随它归巢。因此打算让哥斯拉随电波掉进火山口，并且将哥斯拉歼灭。

南海のゾルゲル島を舞台にゴジラの息子ミニラが初登場し、怪獣カマキラスやクモンガと対決する。この作品から特技監督が名匠・円谷英二から弟子の有島貞昌にバトン・タッチされた。ゴジラとミニラの親子の愛情がしっかり描き込まれている。