人間の思考や感情から生まれる「e-パルス」は、AIサポートデバイス「サポタマ」のエネルギー源として活用されていた。目覚ましい発展を遂げるその陰で、恐るべき怪物が現れる。e-パルスを喰らって進化する生命体「デジモン」である。 　　天馬トモロウは、サポタマから突如現れたゲッコーモンとの出会いをきっかけに、非日常へと巻き込まれていく。 　　賞金稼ぎを生業とするチーム「ゴールデンドーン」の沢城キョウたちとの共同生活を送るなかで、トモロウは決意を新たにする。 　　人間とデジモンが描く新しい未来とは──

如今，全世界所有人都在使用的智能手机应用。那里潜藏着无人知晓的存在·应用怪兽，通称“应用兽”。应用兽是具备能够自主思考行动的人工智能的应用生命…

在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。 收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国......

与现代网络社会共同产生的假想空间「数码世界」，诞生了数位生命体「数码兽」，主机「世界树」管理这个世界的全部。不过、为了建立新数码世界而要除去发展很久的这个世界的同时、「世界树」发动「Ｘ计划」要除去所有的数码兽…现在，数码世界史上最大的危机逼近了！拥有「Ｘ抗体」的多路兽及它的朋友们，应该如何应对呢？

被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地…

故事发生在遥远的远古时代，主人公爱德华是元族首领西梅恩的长子，却因为身材瘦弱且外形异于同族被视为异类，加之族中女巫的谗言，刚刚出生即被抛弃。爱德华大难不死，与不会讲话的伊安一起在丛林中不断发现新事物。当然阴错阳差重返猿族部落后，掀起了一场改变猿组命运的大波澜。

2035年，异域裂缝撕开世界防线，虫族、兽族肆虐，人类靠“进阶者”苦撑。 李逸本在一次异人袭击中被同伴背叛，濒死之际觉醒“擎天之影”系统——他的影子能无限进化！ 吞噬矿石强化防御，撕裂异人化作利刃，甚至能分裂成暗影军团…… 从虫穴杀到诡地，暗影所过之处仇敌血肉成泥——弱者的复仇，从影子吞噬一切开始！

一个年轻人放弃街头生活开拓了新领域，带来机遇的同时也出现了强大的敌人。