蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。少年凌天，拥有古神血脉和神秘至宝“神脑”，是琼海战校的佼佼者。未来助手炎灵告知他三年后将面临一场浩劫，他也会牺牲。为了改变未来，凌天决心在三年内修炼至巅峰境界，守护人类。

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游戏的故事是从主人公，支仓孝平随父母在外面游荡最后自己决定转学进了海岛上一所英国风的修智馆学院开始。面对谁也不认识的陌生世界，还有初次的宿舍生活。支仓感到一点的不安。然而他的不安很快就被每日各种各样的生活所替代了。

在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。 　　很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。

宇宙中的螺旋星系有颗美丽的星球——纳斯星球，星球上有一种神奇的果实，一直保护着整个纳斯星的生态平衡。 　　星球上的阿吉亚部落世世代代都守护着…