《新世纪福音战士 EVA 第5卷 墓碑》在母亲的墓碑前，一心一意想要得到父亲认同的真嗣，却因为父亲冷淡的话语，受到了沉重的打击。意外的事情接踵而来，在击败第七使徒的那一天，真嗣在NERV的基地内，竟然看到了第一使徒“亚当”！人类补完计划这个巨大沉重的计划，将这群不知情的少男少女卷入其中，然后一步步地朝着目标迈进……《新世纪福音战士 EVA 第6卷 第四适任者》EVA三号机被送到NERV本部，而它的测试驾驶员——第四适任者决定由真嗣的朋友铃原冬二来担任，而条件是治疗他妹妹的病。但是，在启动试验开始时却出现了状况，真嗣他们被命令紧急出动，然而攻击的目标竟然是冬二的三号机！《新世纪福音战士 EVA 第7卷 男人的战斗》继冬二事件后，心灰意冷的真嗣决定离开NERV，加持却在此时用自己的经历教育真嗣、并使他重新振作起来。而在与使徒的新一轮战斗中，初号机却在紧要关头停止活动，众人正在绝望之际，初号机突然启动，还开始吸收使徒！最后，完全暴走的初号机，甚至吸收了真嗣！《新世纪福音战士 EVA 第8卷 母亲》被初号机吸收的真嗣，在母亲温柔声音的鼓励下终于得以生还。而加持因为营救被绑架的冬月，被不知名人士杀死，美里非常痛苦，最后终于在加持的遗言声中重新振作，决定向真相继续迈进！《新世纪福音战士 EVA 第9卷 第五适任者》第五适任者——渚薰出现在沮丧的真嗣面前，但真嗣总觉得他给人的感觉和凌波丽是一样的。使徒来袭，这次的使徒竟然对明日香进行精神攻击！虽然零使用“朗基努斯之枪”消灭了使徒，但明日香的心灵已经崩溃……

明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒绝。最终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使完全形态的“莉莉丝”最终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。

在母亲的忌日，一心一意想要得到父亲认同的真嗣，却因为父亲冷淡的话语，受到了沉重的打击。接着，在击败第七使徒的那一天，真嗣在NERV的基地内，看到了第一使徒“亚当”！人类补完计划这个巨大沉重的计划，将这群不知情的少男少女卷入其中，然后一步步地朝着目标迈进……

因为使徒的攻击，反而让零明白到自己对于真嗣的那份真心。为了阻止使徒袭击初号机，零选择与座机一起自爆！赤木律子被送到SEELE接受审讯，却发现自己不过是代替零去接受审问，内心大受打击，决定背叛碇源堂！

被初号机吸收的真嗣，在母亲温柔声音的鼓励下终于得以生还。而加持因为营救被绑架的冬月，被不知名人士杀死，美里非常痛苦，最后终于在加持的遗言声中重新振作，决定向真相继续迈进！

我很懒，不写简介了

喜欢EVA的少年，当他穿越之后，会发生什么事情呢～

注意本作品还未完结