3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。时光流转，在地球和…

"3000万年前，一股黑暗力量使世界陷入恐惧。最后是光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。不过，光之巨人也用尽了自己的力量，在红色星球上陷入了长眠。 时光流转，地球和平同盟“TPU”在地球组建了精英小组“精英胜利队”。 主人公真中剑悟生活在新开拓的火星上，他有一个梦想，就是守护大家的笑容。剑悟平日里在植物研究中心工作，他是名植物学家。最近他总是重复做一个恶梦，梦里总出现一名神秘的巨人，这让他十分苦恼。 有一天，超古代封印的黑暗突然再次来袭，打破了火星安稳宁静的生活。 当火星的街道被怪物破坏时，剑悟在命运的引导下，和沉睡的光之巨人相遇了。 这次相遇会给他和地球带来怎样的影响呢？ 跨越时空苏醒的光之巨人-特利迦奥特曼，苏醒了！"

最后一场战斗已经过去两年了，世界各地已经恢复了和平。然而，当怪物再次开始出现在地球上时，事情并没有平静多久。与此同时，一系列神秘的闯入事件发生在世界各地的超级古代遗迹中。GUTS-SELECT团队由新队长带领，准备展开调查。殊不知，这是一场生死未卜的激战之始。 GUTS-SELECT和泽塔奥特曼在真中剑悟的带领下加入战斗。一个邪恶的身影从阴影中出现：邪恶特利迦，一个继承暗影的邪恶巨人。 为了让大家再次展露微笑，特利迦奥特曼和泽塔奥特曼的人间体夏川遥辉与GUTS-SELECT的新成员以及黑暗特利迦的人间体伊格尼斯将展开一场光与影的终极之战。

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时…

剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。 剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子。于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。 三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量。他可以变身成邪恶特利迦，实力非常强大。特利迦根本招架不住邪恶特利迦，不光泽塔前来帮助特利迦，就连伊格尼斯也变成黑暗特利迦前来协助特利迦。 三位战士将联手粉碎超古代人残党与赛雷布洛的阴谋。

在 迪迦与 加坦杰厄决战的两年之后，TPC内部的鹰派与鸽派矛盾加剧，而因为迪迦消失而急于补充战力的 TPC官员制订了极密的F计划，旨在探索迪迦与加坦杰厄的战场——露露耶的超古代遗迹以寻找新的巨人， 居间惠队长也随行。但不幸的是，在探索过程中，在3000万年前被迪迦击败的三名邪恶巨人 卡蜜拉、 达拉姆和 希特拉意外复苏了，并放出无数 佐加幼鸟攻击调查队。与此同时，幽怜借居间惠队长的身体出现并在露露耶布下了一个能维持100年的结界以保护人类。而大古出现了很离奇的幻觉，曾梦见与丽娜的婚礼上所有的来宾都变成了卡蜜拉；与此同时，宗方、新城和崛井前往露露耶搜救，却遭到了佐加攻击；在回来后，宗方汇报了露露耶的情况，在经过了一场讨论后，TPC高层最终决定毁灭露露耶。大古、丽娜、真由美和野瑞在城市聊天，谈及与丽娜结婚发放邀请函时卡蜜拉又出现了，问大古为什么没有给她发邀请函，而后遭遇了佐加袭击城市，之后与丽娜走散，在寻找丽娜时感慨自己无法变身迪迦保护城市，之后卡蜜拉给了大古黑暗神光棒并诱惑大古变身，在大古变身后，卡蜜拉三人现出真身诱惑迪迦回归，这时，大古发现了刚才拿气球的小女孩因为母亲去世而哭泣，正当迪迦想要救女孩时，却因为黑暗内心的影响却杀死了女孩，但这一切都是卡蜜拉的幻象。丽娜发现了大古的异象，和其谈话时，大古不耐烦地吼了她，却因此摆脱了幻象。当晚，在大古和丽娜一起乘坐摩天轮时，大古又出现幻觉叫出了卡蜜拉的名字因而与丽娜发生了争执（其实卡蜜拉是3000万年前黑暗迪迦的恋人）。在回到TPC总部时，宗方告诉了大古居间惠队长被困在露露耶的真相，但拒绝让大古参与救援；之后，大古为了了解黑暗迪迦的真相，前往TPC的仓库寻找幽怜的时光机器，但时光机器在播放了一段黑暗迪迦与卡蜜拉、达拉姆和希特拉一起破坏世界的影象后就自毁了。就在这时，卡蜜拉、达拉姆和希特拉出现了，在攻击大古之后卡蜜拉道出了真相：3000万年前，巨人们在击倒了所有敌人之后，为了利益而开始了内战；4人在那时曾一同称霸了世界，但迪迦则在幽怜的劝说之下放弃了黑暗并获得了光的力量，最终封印了他原来的同伴。而卡蜜拉、达拉姆和希特拉被困在结界中，他们以居间惠队长来要挟大古重回黑暗，以便打破结界、重新称霸世界。当声音消失时，在外偷听的丽娜打开了仓库，却发现大古昏迷不醒，翻过大古后又发现了黑暗神光棒。在大古昏迷期间，幽怜在梦里告诉了大古一些事情和真相，醒来之后，为了救居间队长，与丽娜一番交谈后，丽娜给了大古黑暗神光棒，于是大古孤身前往露露耶。随后，丽娜与宗方等五人驾驶雅格迪斯号一同前往露露耶，在露露耶大古变身成了黑暗迪迦并打破了结界，此时露露耶也爆发出了比加坦杰厄出现时更强的黑暗能量，黑暗再度笼罩天空。 GUTS的雅格迪斯号在大批佐加的攻击下逐渐不支，幸而一批新兵（未来SUPER GUTS的喜比刚助、幸田、狩矢和 由美村良）前来支援才转危为安。与此同时，居间队长也依靠宗方指挥送给她的护身符拿到了掉在洞中的引爆器，消灭了所有的佐加。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼决战结束后，人类世界享受了长达两年的和平。这天，入间队长跟随GUTS考古队来到南太平洋的远古遗迹露露耶，在这里，他们又发现了已被毁灭的超古代城市，还有三尊邪神的石像——希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）以及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间强烈反对触动古迹，却无法改变上层的决定，最终致使三尊邪神复活，人类再次陷入危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）和柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）感情稳定，即将步入婚姻殿堂。然而，邪神指挥其爪牙向人类世界发起攻击，早已失去奥特曼力量的大古，面对眼前的危机毫无办法。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，不断折磨着大古和迪迦奥特曼……

迪迦奥特曼与正义的人类拯救地球后，人类的文明与科技走向了广阔的宇宙。新领域时代的开启加速了人类对未知世界的开拓。可是，一些新的邪恶力量也在这时向光明的世界展开了反扑。寂静的星空再度被打破，人类又一次面临危机。 在月球表面的一次战斗中，超级胜利队和戴拿奥特曼一起迎击了从宇宙来的怪兽格朗达。并在TPC（地球和平联合组织）最新制造的巨大战舰普罗米修斯的支援下，超级胜利队和戴拿奥特曼击倒了格朗达。但随后出现的侵略者莫内拉星人，暗中进行着企图将全人类抹杀的可怕计划。莫内拉星人夺取了普罗米修斯，并将它改造成拥有可怕力量的电脑魔神戴斯法萨。 莫内拉星人与莫内拉杰多合为一体，诞生出了超巨大植物怪兽莫内拉皇后。莫内拉皇后直接捕获了戴拿奥特曼，被捕获的戴拿奥特曼失去了行动力。就在人类以为失去希望的时刻，传说中的光之巨人迪迦奥特曼出现了！

作为民间警备组织E.G.I.S.的一员工作的工藤优信，有着变身为泰迦，泰塔斯，风马这个3人的奥特曼的能力。经过与无数敌人的战斗，优信和泰迦之间的羁绊更加…