工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.

工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.

某个黑夜，一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件，这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”，甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际，安室透率领的日本公安赶到，间谍夺车逃跑，高速公路大桥上上演激烈追逐战，其他的车辆也被卷入其中，眼看要酿成惨重事故的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中，从大桥坠入海中。第二天，柯南等人来到东都水族馆游玩，他们在巨大摩天轮底下，发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子，仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样，也就是俗称的“阴阳眼”。

2009年，年轻女孩纱崎咲良（芳根京子 饰）被人残忍杀害，该事件令她的姐姐玲奈（北川景子 饰）痛不欲生。在遇害之前，咲良为躲避跟踪狂的骚扰曾秘密搬到亲戚家居住，可是某个不良侦探受跟踪狂之托查到了女孩的现居地，由此引发了血腥惨案。为了揪出这个被称为“死神”的侦探，玲奈拜入 须磨康臣（井浦新 饰）的门下请求接受侦探培训，出于某种目的，须磨不仅最终答应了玲奈的请求，之后更专门为她成立了一个“反侦探课”。在追查某起案件时玲奈对上了阴冷的知名侦探阿比留（中山裕介 饰），他似乎正是妹妹遇害一案的重要关系者。而被须磨分配到反侦探课的新社员峰森琴叶（川口春奈 饰）又与玲奈有着千丝万缕的关系…… 　　本片根据松冈圭佑的同名原作改编。

纱崎玲奈（北川景子饰）是在调查公司调查缺德侦探业者的“反侦探科”工作的调查员。玲奈最疼爱的妹妹遭跟踪狂杀害，为了找出给跟踪狂提供情报的缺德侦探…

一天名侦探毛利小五郎收到了一张寄给他的请帖，里面是一个神秘男子的委托，神秘男子邀请毛利小五郎等人前往横滨的一个游乐场。小五郎和江户川柯南一行人快乐地来到游乐场游玩，还带上了可以出入无阻的VIP手表。不料他们却中了那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则手表上的炸弹便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，如果柯南和小五郎不能解开谜题，小兰和少年侦探团也会随着游乐园一起粉身碎骨。其他侦探们与柯南一同挑战谜题，当所有人一起努力调查犯人的真面目时，危机却不断展露在眼前，时间一分一秒地逼近，犯人无赖地设下了最后一道陷阱。然而更意想不到的是，那名神秘男子居然直接称呼柯南为工藤新一，这到底是怎么一回事？

在一座巴黎的宫殿里，两名侦探正调查一次两年的谋杀。埃米尔和弗朗西斯正对吉姆·福克斯·沃纳进行调查，欠他们大量钱的一位拳击手施加压力，但是吉姆也欠黑手党钱，并且他依赖拳击比赛来摆脱困境是不够的。

在一座巴黎的宫殿里，两名侦探正调查一次两年的谋杀。埃米尔和弗朗西斯正对吉姆·福克斯·沃纳进行调查，欠他们大量钱的一位拳击手施加压力，但是吉姆也欠黑手党钱，并且他依赖拳击比赛来摆脱困境是不够的。