《木头村》以小女孩丁丁的视角展开，讲述了一系列人与自然共生的故事。安静的木头村坐落于大森林深处，村民早已和大自然融为一体，每个人头上都长着各具特色的植物。灵巧的莲蓬头丁丁，可爱的西红柿咪咪，聪明的杨桃小博，高壮的香蕉波波，在长着玫瑰花朵儿的阿卡老师带领下过着自由自在的校园生活。村中新搬来的臭臭一家经过一系列波折，头上都长出了植物，融入了木头村。不久，来自城市的工程师扰乱了村中的平静，意欲建造月球火箭发射基地。城市能源危机大停电，阿卡老师带领小朋友们前去救援，千钧一发之际，工程师及时赶到。市长决定重新建造新能源城市，在木头村村民的帮助下，自然与城市和谐共生，绿意盎然。

故事延续了第一季中森木头村内木头人们欢乐生活的故事。误吞了污染剂的大熊变成了能说话一心想变成人的熊霸，熊霸和前来调查“绿色心能源”的工程师勾结在一起，一熊一人狼狈为奸，并且打起了木头村民的主意。木头村的四个孩子丁丁、咪咪、小博和波波在村长的指导下呼唤出绿色心能量，联合村民们一起保卫木头村。整个剧集围绕着“绿色心能量”展开，绿色心能量来自于空气，阳光，树木和水，也就是自然界的基础，代表着环境。而保卫绿色心能量的过程也就是一场环境保护的过程，在整个过程中，主人公和她的小伙伴们制止了雾霾，伐木，毒气等各种侵害自然的现象，突出了环保的特性。此外，剧集采用幽默，隐喻的手法将实现中国梦的切入点引申到木头村少年之间的友谊，互助以及成长上。

草原上，牧羊少年巴特尔在放牧牛羊，看到老木匠乌力吉走来，就与他捉起迷藏来。乌力吉发现了巴特尔，和善的说他太调皮。老木匠一转身发现了一棵枯树，灵感驱使他马上行动，将枯树雕刻成一个婷婷玉立的木头姑娘。这时老画匠走过来，看到这个木头姑娘，连忙说：“我来把她涂上漂亮的颜色”，老银匠也走来，看到姑娘说：“我给她打一副精美的首饰吧”，不一会，木头姑娘就被打扮得栩栩如生、美丽动人。众人不断赞美，但乌力吉遗憾的说，就是缺少生命啊。一个英俊的牧马青年骑在马上远远看到木头姑娘，立刻就深深爱上了她，他策马奔驰到姑娘面前，才发现姑娘没有生命。青年以深情的歌声打动了姑娘的心，使木头姑娘获得的生命。正当青年要与姑娘一起离去的时候，木匠、画匠和银匠追了过来争着和青年要姑娘。 正在争执不下的时候，王爷正巧路过，众人一致同意让王爷来裁判。王爷听了他们的申诉，胡乱判定一番，将姑娘许给每一个人，把事情搞的越来越乱，众人依旧争执不休。牧羊少年巴特尔也被吸引过来，他指责王爷判得不公。王爷和随从看不起这个牧羊少年，打赌如果他判得公平就给它银子，如果判得不公，就打他鞭子。巴特尔想了想，拉起姑娘走到老木匠面前说：姑娘是木匠雕出来的，所以应该认做爸爸；银匠给姑娘打造出漂亮的首饰，姑娘认银匠为师傅，跟他学手艺；牧人给了姑娘生命，姑娘嫁给他做妻子；而画匠画出姑娘如花的容貌，按照草原上的风俗，就在姑娘的婚礼上作为证婚人。众人皆大欢喜，王爷一看不妙，灰溜溜地带着随从跑了，老木匠抱起巴特尔，夸奖到“还是牧人的儿子最聪明啊”。

木匠被羊倌戏耍时，发现一块上等的好木材，兴奋地将它雕刻成为一个美丽的姑娘，画匠赶过来，用色彩将姑娘进行一番包装，姑娘更美了，银匠又赶过来，为姑娘打造了银饰。一切完毕，三人将木头姑娘端详了老半天，发出可惜的感慨。远方来的小伙子也被木头姑娘的美丽吸引，禁不住将满腔热情化为歌声，不想歌声真打动了木头姑娘，她变作了鲜活的人。小伙子和姑娘肩并肩往回走时，木匠、画匠和银匠不乐意了，四个都想把姑娘领回家的人开始争吵。这时，王爷走了过来。

这个夏天才刚要开始，离别的阴影却已悄悄到来…原本一成不变的补习－考试生活，将在这个夏天画上句点。而纬纶和张洋的青春岁月，似乎也是。在夏天还没开始之前，他们逃离了都市，学会了说再见，学会了长大。