被称为木星蜥蜴的神秘敌人第一次袭击地球是在2195年，面对拥有压倒性力量的敌人，地球军束手无策，火星连同殖民地一起落入敌人手中。这就是“第一次火星会战” 　　一年之后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工以最新的科技造出新型战舰NADESICO号，召集来的船员包括以年轻的女舰长御统由利加为首，她青梅竹马的朋友，身兼厨师和机师的天河名人，其他船员虽然各有所长，但人格和来历都有一点问题。 　　在战斗变得白热化之际，一个重大的真相被揭发了，敌人原来是100年前被放逐到木星的地球人子孙。他们想得到能够令其运用来往行星间的瞬间移动技术，玻色子跳跃的火星遗迹。 　　跟木连的和谈以失败告终，为了争夺火星的遗迹，NADESICO、木连和尼鲁加路的三方混战开始了，到此为止，是地球跟木连战斗的历史，后来，地球和木连结盟，宇宙总算恢复和平，以上是TV版的剧情。

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞……

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞……

公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业ネルガル重工‎NERGAL完成了实验战舰ND-001ナデシコNadesico的建设。 即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场 (Distortion Field) 防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。 火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的ナデシコNadesico。其后明人虽然被聘请为ナデシコNadesico的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯 (Aestivalis) 进行战斗…… 本故事就讲述一班在ナデシコNadesico上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞……

地球和木連結盟後，宇宙總算恢復和平。天河明人和御統由利加終於結婚了，但是在新婚旅行中，他們因乘坐的飛機失事爆炸而遇難……然後，三年過去了。此作是機動戰艦TV版放1996年放送後，於1998年分開的劇場版 The Prince of Darkness。八號殖民地「白雪公主」被人襲擊了，以星野琉璃為艦長的Nadesico B被委派作出调查。但是琉璃與Nadesico 一行如何應付名為「火星的繼任者」標榜著新的秩序的對手嗎？

世间人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，紧接着的……是离别 　　刺耳的警报声骤然响起，通过无线电传入每个人的耳中。八号殖民地“白雪公主”正遭到突如其来的袭击，防御力量正被迅速瓦解。与此同时，“白雪公主”内部突然出现几个头带斗笠象僧侣一样的人开始追杀研究员……当入侵的机器人突入“白雪公主”的时候，里面已经血流成河。那些僧侣们留下一句“你来迟了一步，复仇者，你还未够道行啊”，就神秘的消失了。 　　接到求救的联合宇宙军战舰迅速赶到，但是“白雪公主”各处已经开始发生爆炸。入侵的机器人留下的唯一踪迹是玻色子跳跃前的模糊影响，而这种跳跃应该是比它大几十倍的大型战舰才能做到了，幽灵机器人的说法因此不径而走。 　　因为四个殖民地连续发生爆炸，地球统合军成立意外调查委员会负责调查次事，但他们不信有关机器人玻色子跳跃的事情，还把宇宙军排除在外。为此联合宇宙军自行展开调查，计划从玻色子跳跃系统入手，这就牵涉到葫芦计划。葫芦计划是在人类活动频繁的宇宙区域内的一些殖民地之间建立玻色子跳跃通道，这样拥有次元歪曲防壁可以经受跳跃冲击的战舰就可以通过郁金香方便的来往于各地。按照计划，星野琉璃少校任舰长的机动战舰NADESICO·B奉命出发前往葫芦计划的中枢——殖民地“天照”。 　　在殖民地“天照”，琉璃受到当地指挥官的故意怠慢，于是她将计就计，表面上接受殖民地安排的所谓“检查”，暗地里利用NADESICO·B里的超级电脑“思兼”侵入“天照”的电脑系统，结果不仅发现有葫芦计划正式设计图上没有的玻色子跳跃通道，还发现大量非正式的玻色子跳跃的人体实验记录。 　　正在这个时候，“天照”内的电脑系统出现反常现象，电子屏幕上充满了OTIKA的字样，无法正常工作。“OTIKA反过来就是AKITO，也就是明人”，突然想到这点的琉璃似乎预感到什么，“那是暗号，还是巧合？但是那个人……明人和由利加已经死了呀。” 　　入侵者终于出现了，在玻色子的灿烂光芒中。连NADESICO也无法识别的入侵机器人虽然只有十来米长，但是激动性和威力却非常强大。这时琉璃果断地命令NADESICO进入战备状态但不参与“天照”的保卫战斗，而是静观其变。另一方面，天照出动的是凉子带队的爱特巴里斯队，入侵者似乎抵挡不住迎击而想要撤退，可是谁知这是调虎离山之计。当爱特巴里斯队被引到殖民地外圈的时候，一艘不明战舰突然通过时空跳跃出现，用重力波炮攻击使殖民地警卫队损毁严重，入侵机器人也乘乱进入了殖民地内部。 　　“你认识的天河明人已经死了，我想你收下他曾生存的证据”星野琉璃，被称为“电子的妖精”的女孩，NADESICO·B的舰长琉璃+超级电脑思兼+NADESICO·C= 无敌 　　最后的决斗就在眼前，明人乘坐的黑色机器人蓄势待发 　　“他会回来的，如果他不回来，我们便追上去，因为那个人对我们很重要” 　　这时在殖民地指挥部，一伙自称火星后继者的人发动政变占领了“天照”，而另一方面紧随入侵机器人进到基地内部的凉子在那里见到了上次战争中地球和木星都想得到的火星遗迹——玻色子跳跃的黑匣子。黑暗中突然传来一阵摄人心魄的铃声，“危险！”，听到了黑色机器人驾驶员的警告，凉子侥幸躲过了偷袭。偷袭者出现了，他们就是上次在“白雪公主”大开杀界的那些僧侣，也是火星后继者背后的影子——心黑手辣的暗杀者。僧侣的首领向黑色机器人发话了，“你要死在自己的妻子面前吗”，随着这话音，遗迹缓缓展开，出现在里面的竟然是由利加。原来由利加没有死啊，凉子想，那么明人呢？刚才黑色机器人驾驶员的声音怎么这么耳熟？啊！是明人，他们都还活着！ 　　混战中凉子被赶来支援的赤月救出，明人和由利加下落不名。“天照”终于被火星后继者给爆破了，之后火星后继者占据了火星极冠，在那里和他们的支持者集结，想要依靠遗迹的力量和统合军对抗。 　　通过调查，大家得知火星后继者造就和尼鲁加路的竞争对手联合起来，希望通过掌握波色子跳跃通道的“葫芦计划”来达到起野心。为此需要那些为数不多的A级跳跃者来做玻色子单体跳跃的领航员，明人和由利加就是在蜜月旅行的时候被火星后继者绑架了的，当局为了保密才宣称他们不幸遇难。后来明人侥幸逃脱了出来，一直在暗中和火星后继者战斗。 　　面对新的威胁，琉璃等人奉命回地球召集人手，已经退役的原NADESICO成员又重新聚集起来，更有不少年轻人加入。然而，到达地球的不只是他们……战斗即将爆发，结局到底是什么样的呢？

影片发生在1905年，一艘名为波将金号的战舰上，原本这是一艘沙皇海军的骄傲，可是因为连续数月的伙食太差，导致了一场哗变。沙皇海军波将金号战舰上，水兵的生活环境非常差，受着非人的待遇。一连数月，水兵的伙食很差，供应的牛肉甚至长满了蛆，引起了战舰上水兵们的极度不满。部分水兵策动起义，却受到了军官的镇压。指挥官下令枪杀叛乱者，但是由于起义之火在众人心中燃烧。行刑队拒绝开枪，起义者们拿起武器将军官丢入大海。波将金号被起义者们夺取，并驶入敖德萨石阶进行补给。敖德萨的群众对水兵们的遭遇非常同情，义愤填膺，纷纷声援起义的水兵。而群众的声援却遭致沙皇军队的镇压，一场血腥的屠杀就此展开……

1905年，一艘名为波将金号的战舰上，水兵的生活环境非常差，受着非人的待遇，供应的牛肉甚至长满了蛆，引起了战舰上水兵们的极度不满。部分水兵策动起义，却受到了军官的镇压。指挥官下令枪杀叛乱者，但是由于起义之火在众人心中燃烧。行刑队拒绝开枪，起义者们拿起武器将军官丢入大海。波将金号被起义者们夺取，并驶入敖德萨石阶进行补给。敖德萨的群众对水兵们的遭遇非常同情，义愤填膺，纷纷声援起义的水兵。而群众的声援却遭致沙皇军队的镇压，一场血腥的屠杀就此展开……

突如其来的外星神秘敌人格米拉斯向地球发起了进攻。世界各国集结全部战力进行防卫，却惨遭覆没。格米拉斯投下了无数的游星炸弹，人类大部分被炸死。2199…

庵野秀明将执导动画《宇宙战舰大和号》。