1997年的方圆市，正在读小学三年级的时光在爷爷的杂物间里翻出了一个旧棋盘，恰逢此时出现了百年一遇的天体现象，超新星爆发，将来自南梁的棋神褚嬴通过棋盘带到了时光的身边。所有人都看不见褚嬴，除了时光。褚嬴为了寻找“神之一手”，和时光达成合作关系，借助时光的手来下棋。两人在黑白问道棋馆遇见了同样年纪的“围棋神童”俞亮，并赢下了这一局。褚嬴感慨俞亮小小年纪，但实力不凡，而俞亮只得知时光是第一次下棋，大为震惊。时光也因此开启了自己和围棋一生的羁绊。

该网剧讲述了时光（胡先煦 饰）在机缘巧合之下发现一个古老的棋盘，从而认识了盘踞在棋盘内、历经千年的南梁围棋第一人——褚嬴（张超 饰），并在他的熏陶下逐渐对围棋产生兴趣，并励志成为职业围棋手的故事。

有一天，小学六年级的进藤光在爷爷家的仓库里，找到一个古老的棋盘。而隐藏在其中的血痕竟然只有他看得见。就在阿光碰到棋盘的瞬间，寄宿在棋盘上的平安时代的天才棋士——藤原佐为的灵魂潜入阿光的意识里。原来那个棋盘是平安时代的棋士．藤原佐为灵魂所暂居的地方，而佐为为了追求「神之一招」的围棋技艺，魂魄始终不肯离开棋盘，为的是寻找能与他共鸣的人。 　　他的愿望曾经一度在本因坊秀策身上达成，可惜秀策英年早逝，来不及达到佐为所追求的完美境界，直至遇到小光后，两人的因缘结合，开始了小光的围棋生涯。在偶然的情况下，小光遇到了他生命中的宿敌——塔矢亮。在佐为的指导与小亮的刺激之下，小光也渐渐的喜欢上围棋并且棋艺也日渐精进。 　　而小亮先是见识到小光（其实是佐为）的棋艺而头一次尝试到戒慎恐惧之感，后却在看过真正的小光的实力后，对小光失望至极。而后发誓不让进藤光追上！而《棋魂》，就是主角进藤光+藤原佐为与塔矢亮在互相的影响与激励下，一起成长！ 而阿光在遇到衷心喜欢围棋的佐为，以及拥有著名人父亲的天才少年——塔矢亮后，便开始对围棋有了兴趣。 　　上了国中以后，加入了围棋社，并且有机会参加全国大赛，更让阿光开始认真地看待围棋。进步神速的他，为了更上一层楼，决定退出围棋社去参加院生考试。后来阿光顺利通过院生考试，并与和谷、伊角、越智等同年纪的劲敌互相砥砺之后，棋力又有了惊人的成长。不过，一开始面对职业棋士考试，阿光因为缺乏经验，陷入苦战，好不容易才通过预赛。为了克服自己的缺点，他开始在各碁会所进行特训、累积信心，最后终于顺利通过职业棋士考试，与被他视为目标的塔矢亮站上同一个舞台。在老手云集的围棋界，肩负创造新时候使命的阿光，正一步一个脚印地开始往前迈进……

进藤光是一个小学6年级学生。有一天，小光跑到爷爷家里寻宝，想赚些零用钱，没想到偶然翻出了一个旧棋盘。就在他接触棋盘的一瞬间，竟看见了附身于棋盘中…

佐为已离开，但光的围棋生涯还在继续。接续动画版的剧情，这部是之后推出的OVA，讲述了这群年轻棋手们的北斗杯之旅。 　　经过一番努力和征战，进藤光（川上伦子 配音）终于成为了一名职业棋手，这是对自己能力的认可也是全新的开始。成为职业棋手后的光从棋院那得知了北斗杯的消息，这是为18岁以下的年轻人举办的围棋赛，会有来自中国、韩国等围棋强国的青少年参与。兴致勃勃的光把这个消息告诉了塔矢亮（小林沙苗 配音），亮听到后一脸淡然的说自己已经是北斗杯确定的参与选手了。而光还得参与预选赛，才有资格和亮一起站在北斗杯的现场，通往北斗杯之路就此拉开。

网剧《棋魂》迎来大结局，南梁第一棋手褚赢找到神之一手，从朝夕相伴的时光身边消失。在番外篇中，时光与好友谷雨，误撞进时间的间隙，穿越回到南梁与褚赢重逢。终日自己与自己对对弈的褚嬴重逢故人，惊喜之余却发现，时光竟然不记得自己了。。。 　　在本互动视频中，你将化身主角时光，以第一视角重逢褚嬴，在关键剧情中做出自己的选择，解锁网剧同款场景，与褚赢对弈、帮褚赢圆梦。在这短暂的相聚时光里，你能想起来自己是谁，为什么而来吗？最后的结局，你是选择留在南梁陪褚嬴下棋，还是回到现代为自己下棋？ 　　这一次，选择权在你的手上。