大正十五年，大神一郎正收拾行李到巴黎赴任，偶尔在一小箱中， 看到一粒子弹…… 时间追回太正十二年。在六月公演的庆功宴，开始了技艺大会，樱做出华丽的剑法。玛利亚也罕有的说出來表演，做出称为乾杯的技艺，但失败了，其後玛利亚责备自己。同时刻，和玛利亚过去曾经有恩怨的巴灵千朗夫 ，來到东京港並向玛利亚复仇……

以游戏第2作以后，准备转任法国巴黎的大神一郎回忆队员的往事。前4集每集各为一个小单元，最后两集为一个小单元。

第一幕「华都花之军」 　　太正８年的春天，为了应付即将爆发的降魔之战，帝国陆军的米田一基提案组织帝国华击团，而藤枝菖蒲则奉命前往世界各地寻找能够成为队员的超能力者。此时，真宫寺完全不知自己的命运即将改变，仍在故乡仙台持续练习着剑术…。 　　第二幕「在樱花中展放吧，神剑」 　　为了保卫帝都不受降魔的侵袭，红兰、玛莉亚、环奈、爱莉丝等四人在总司令_米田的号召下，加入了帝国华击团。然而，等待着他们来挑战的并非军事训练，而是为了能登上「大帝国剧场」的花舞台，所进行的舞蹈及发声练习；原来这是米田为了隐藏帝国华击团的存在而想出的奇特点子。接着，帝国华击团为了补强战力，找来了神崎重工会长的孙女—菫加入阵容，但因为菫的态度非常高傲，使得环奈对她十分不满，好不容易就要建立起来的团队默契，眼看着又陷入了撕裂的危机…。另一方面，真宫寺樱决定前往东京，她在出发前得到了一本记载着真宫寺家祖传的北辰一刀奥义流的书卷，樱是否能领悟出这本奥义中所记载的剑术呢？ 　　第三幕「春天三月，首次登场」 　　帝国华击团在经过一番波折后，终于正式开始运作，而花组的成员为了消灭徘徊于帝都的降魔，也展开了一连串的作战。此时，大帝国剧场的舞台揭幕了，用来掩护华击团的另一个身分——「帝国歌剧团」，其公演也陆续开始。樱虽然顺利加入了帝国华击团，但却在驾驶光武的演习中发生失控，导致她只能在舞台边落寞地欣羡玛莉亚等人的演技，此刻花组的其它成员也无法接受樱的加入，队内气氛顿时变得很僵。身兼队长的玛莉亚由于无法负荷每天的密集行程，于是向菖蒲提出了卸下队长职务的要求。某日，玛莉亚在目睹樱独自练习唱歌的情景后，觉得樱拥有很大的潜能，于是决定让她在下次的公演登场，可是菫却对玛莉亚的这项决定感到非常不满，因而大发雷霆…。 　　第四幕「仲夏梦之夜」 　　历经数场的战役之后，花组队长大神一郎渐渐地得到其它队员的信赖。不过，大神为了应付这几个非常有个性的队员，每天都费尽了心思，身心的疲惫也因此达到了最高点。某天，当大神在执行夜间巡逻任务时，凑巧看见独自一人在练习剑术的樱，大神对樱说：「我很羡慕你们能够为人们带来梦想」；其实樱最近早就觉得大神很没精神，在听到这番话之后，为了激励大神，于是反过头来要求他企划一场由花组全体登台表演的歌剧。这场由大神负责指挥的歌剧是否能顺利演出呢？

《樱花大战》系列1997年推出的第一部OVA，共4章，内容分别为： 01、华之都的花合战，02、绽放樱花吧神剑，03、春日弥生的初战，04、仲夏梦之夜

第1话　ミー＆マイガール 　　第2话　X…and The City 　　第3话　星の辉く夜に 　　第4话　マザー、アイウォントゥシング 　　第5话　禁断の楽园 　　第6话　纽约（ここ）より永远（とわ）に

二十世纪初的日本太正时代，自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。 　　随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合，帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。然而，这也是一座有着怪物和咒术等非现实存在的魔幻都市。 　　为了对抗从地底出现的强大魔物“降魔”，陆军成立了由将校中的灵能者组成的特殊部队——对降魔部队，成员即“二刀二剑”的4位继承者：米田一基，持有 “神刀·灭却”；山崎真之介，持有“光刀·无形”；藤枝菖蒲，持有“神剑·白羽鸟”；真宫寺一马，持有“灵剑·荒鹰”。四人仅凭自己的血肉之躯和手中的神剑与魔物作战，史称“降魔战争”。激战的结果，陷入绝境的对降魔部队被迫使出最后的手段——利用“魔神器”发动“破邪之血”。魔神器即日本上古时代流传下来的三种祭器：剑、珠、玉，可以成为魔力的增幅器。继承真宫寺家“破邪之血”的一马，以自己的生命为代价用魔神器将降魔们封印，而山崎真之介也在此战中失踪…… 　　太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治，率领手下的死天王葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹，操纵着利用古代咒法生出的魔物——魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了对抗这新的威胁、守护帝都和民众，在花小路伯爵的大力支持下，新的政府直属对降魔组织——帝国华击团（简称“帝击”）·花组成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的领导下，花组集结了6名具备高灵力的少女：真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇；俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘；自幼就因超常的灵力被与世隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝；在辛亥革命的战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近 2米的桐岛神奈。同时，基于山崎真之介留下的设计，由神崎重工完成了对降魔用灵子甲胄“光武”。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团面目出现来掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为守护帝都的战士，驾驶光武与敌人作战。 　　太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，《樱花大战》的故事也就从这里开始了……

太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治，率领手下的葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹，操纵着古代咒法生出的魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了守护帝都和民众，新的政府直属对降魔组织帝国华击团（简称“帝击”）花组成立了。 在米田一基、藤枝菖蒲的领导下，花组集结了6名具备高灵力的少女：真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇；俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘；自幼就因超常的灵力被隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝；在战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近2米的桐岛神奈。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团的表面掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为守护帝都的战士，驾驶光武与敌人作战。 太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，《樱花大战》的故事就从这里开始。

《樱花大战》系列1997年推出的第五部OVA，舞台转换到了新时代的纽约。共6章，内容分别为： 1、我和我的女孩，2、X…and The City，3、在星光闪耀之夜，4、母亲，我想唱歌！5、禁断的乐园，6、比纽约更久远

太正二十九年，帝都·东京。曾经对帝国华击团憧憬的少女独自一人，走上帝都的舞台、再次掀开新传说的幕布。

大神一郎远赴法国担任巴黎华击团的队长之后，帝都花组迎来了新团员——前星组队长拉奇特(ラチェット·アルタイル）。拉奇特的个人主义作风与花组重视合作的做法形成强烈对比，双方摩擦不断。剧情的主线在于军方试图以新研发的无人驾驶蒸汽机取代花组，令花组陷入了解散危机。