经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）引起了前新選组头目斋藤一（江口洋介 饰）的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）登场。寄居在神谷道场的绯村渐渐融入神谷薫（武井咲 饰）和周边庶民的平和生活之中。然而武田欲壑难平，为了保护善良的人，剑心不得不拔出逆刃刀和相乐佐之助（青木崇高 饰）勇闯虎穴…… 　　本片根据漫画家和月伸宏的经典原作改编。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。

明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。 　　明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化…… 　　本片根据同名漫画改编。

明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新…

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法…

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。 　　在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。 　　来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

* 此篇乃是制作动画小组自行产出的剧情，并非原作者和月的构想。 星霜篇故事发生于人诛篇约十多年后，晚年的剑心与神谷薰同患上不治之症，剑心在甲午战争（日本称为“日清战争”）时于中国失去记忆，最后左之助找到他并助他回到日本，最后剑心死于神谷薰的怀抱之中。故事前半主要以神谷薰的视点描述与剑心的往事，其间亦加插了少量人诛篇的回忆画面。

愁云惨淡的明治时代，曾遭到新政府利用和背叛的志志雄真实（池田政典 配音）从地狱活转，而今他的阴影笼罩在和平年代的上空。似乎与此同时，绯村剑心（凉风真世 配音）以及伙伴们皆明了志志雄的真正目的，即利用京都大火的混乱进军大阪。以此为契机，剑心、斋藤、相乐左之助分头向大阪挺进，而薰、弥彦、比谷清十郎以及京都御庭番众则留守戒备，随时迎接志志雄爪牙的入侵。濑田宗次郎、破军、四乃森苍紫等绝世高手相继登场，与原作大相径庭的经典对决，渐次拉开序幕…… 　　本片根据和月伸宏的同名漫画改编，为动画版上映15周年纪念作。

自黑船事件过去十余年，闭关锁国的德川幕府面临着剧烈变革。倒幕志士纷纷崛起，幕府派则加紧打压，局势动荡不安。少年剑客绯村剑心为了开创万民自由的新时代，加入长州藩倒幕军团首领桂小五郎麾下，逐渐成为铲除阻碍倒幕之人的先锋。刽子手拔刀斋的名号迅速在京都传开，而他某次意外杀死的下级武士，在他脸颊上留下了一道无法磨灭的伤疤。不久后，剑心遇见了忧郁寡言的女孩雪代巴。巴来到倒幕志士聚集的地方帮佣，在相处中，她让一直神经紧绷的剑心得以放松。然而，被命运和时代捉弄的两人，等待他们的似乎只有永恒的悲剧…… 本片改编自和月伸宏的同名漫画。

故事以 明治维新初期为背景，讲述了幕府末年“杀人不眨眼”的主人公绯村剑心 （ 佐藤健 饰），在明治维新以后发誓“不再杀人”，下定决心开始流浪生活，通过与薰的相遇，以及与宿敌的战争，逐渐开创和探索属于他独有的生活方式 。